如果叶利钦只是在莫斯科的新闻媒体上发表一些激进改革言论，戈尔巴乔夫尚能容忍，因为戈尔巴乔夫可以命令宣传部门抵消他的影响力。在1986年的苏联意识形态领域，雅科夫列夫的力量尚不足以撼动利加乔夫。叶利钦作为首都领导人，又是政治局候补委员。由他来抵消、分散利加乔夫的影响力，有利于戈尔巴乔夫从总体上维持部下之间的权力平衡，甚至压制利加乔夫的部分保守言论，为推进和加速改革造势。
然而，叶利钦在首都第一书记的位置上，做出“出圈”的事情越来越多，甚至涉足了很多他不该涉足的领域。1987年一月全会前后，叶利钦多次就党内干部政策和国家政治改革发表言论，虽说是为了紧跟领袖最高指示，但言论风格依然是大鸣大放，不少话语超出戈尔巴乔夫定的调子。
在“打黑”运动中，叶利钦伺机把首都克格勃和内务局牢牢控制在自己手里，破坏了两个系统中央直管的传统。在天子脚下把首都的强势部门搞成独立王国，这在拥有悠久封建传统的苏联是一件十分犯忌讳的事情。而且，叶利钦通过打击黑手党和影子经济，把拳头伸向了苏联商业部、外贸部和上层的高干特供系统，做了很多本该由戈尔巴乔夫亲自管辖和部署的事情，给高层造成了很大压力，直接威胁到戈尔巴乔夫本人。
1986年下半年开始，叶利钦又把手伸向了外交部门。新任外交部长谢瓦尔德纳泽上台以后，大量更换外交部受葛罗米柯青睐的干部。叶利钦对外交部的老干部们乘人之危，在苏联外交部直属院校莫斯科国立国际关系学院展开“清扫行动”，配合谢瓦尔德纳泽清洗了不少国际关系学院的干部、智囊，以及在学院“谋生”的外交部干部子弟。这事在高层闹得沸沸扬扬。
紧接着，叶利钦在外交政策领域频频发声，拥护对西方缓和，拥护从阿富汗撤军，拥护削弱苏联军工部门、和美国一起裁军。但他表现出的不是对领袖的亦步亦趋。在外交政策的很多方面，叶利钦的言论比戈尔巴乔夫走的还要远。1986年下半年，正是戈尔巴乔夫对西方缓和受挫、裁军建议被美国多次拒绝的时期。在高层饱受争议的叶利钦在这个时候煽风点火，增加了戈尔巴乔夫在高层的麻烦。进入1987年，叶利钦的言行更加出格，多次自行会见往来莫斯科的“外国友人”，谈吐之间颇多自作主张。
叶利钦对抗利加乔夫，戈尔巴乔夫乐见其成。但是，叶利钦插手意识形态政策、勾结雅科夫列夫，对外交政策说三道四、勾结谢瓦尔德纳泽，倡言政治改革、与领袖“抢麦”等等言行是戈尔巴乔夫决不能容忍的。在戈尔巴乔夫看来，叶利钦诸多做法几乎是想争夺“第二书记”的位置，已属大忌中的大忌。正是由于这些原因，戈尔巴乔夫让叶利钦在1086年2月至1987年6月原地踏步，就是不让他递补为政治局委员。
1987年4月，美国国务卿舒尔茨访苏，苏美两国共同裁军的前景再度光明起来。1987年5月，戈尔巴乔夫通过莫斯科“红场事件”大量更换军方高级将领，全面掌握军权。1987年六月全会，雅科夫列夫、斯柳尼科夫和尼科诺夫升任政治局委员，戈尔巴乔夫在政治局的权势更加稳固。这时的领袖已经不再需要一个好惹是生非、却要他帮忙处理后事的政治局候补委员了。叶利钦前景堪忧。
六月全会过后，戈尔巴乔夫经常去各地视察、宣讲六月全会的经济改革精神。这段时间，政治局和书记处的工作主要由利加乔夫主持。或许是意识到自己民望急剧上升、仕途危险也在急剧变大，或许是发现戈尔巴乔夫在最近几次全会上架空利加乔夫的权力，身为政治局候补委员的叶利钦在党内高层办公会议上展示出一种破釜沉舟的心态，常常与党内二号人物利加乔夫发生争吵。此时的利加乔夫也是危机四伏，眼见权力被架空，更加无法接受自己亲手提拔的干部和自己唱对台戏，与叶利钦展开了争锋相对的斗争。
两人争吵的消息很快传到戈尔巴乔夫的耳朵里。戈尔巴乔夫身为领袖，当然不会被自己的部下所左右。听到两位部下争斗，他高兴还来不及，索性远离漩涡，去南方休假，进一步观察事态发展。叶利钦倍感委屈，多次求见戈尔巴乔夫未果，只好给休假中的戈尔巴乔夫写信、打电话诉苦。戈尔巴乔夫在电话里好言安抚，全无实质性的支持和反对。
叶利钦想错了一个问题。领袖不可能在权力斗争中只对某一位部下押宝，领袖只会团结大多数，打击一小撮，充当“正义”的仲裁者。之前，戈尔巴乔夫的政策遭遇阻力时，都没有想过给他这位铁杆支持者加官进爵。如今，戈尔巴乔夫的权力空前强大，怎么会为他一个人破坏现有权力格局。这时候，叶利钦还想拖领袖下水，为他主持公道，岂不幼稚可笑？他的前途只能看他自己的造化了，或者说，看他能不能认清形势，自己给自己台阶下。