如果葉利欽只是在莫斯科的新聞媒體上發表一些激進改革言論，戈爾巴喬夫尚能容忍，因為戈爾巴喬夫可以命令宣傳部門抵消他的影響力。在1986年的蘇聯意識形態領域，雅科夫列夫的力量尚不足以撼動利加喬夫。葉利欽作為首都領導人，又是政治局候補委員。由他來抵消、分散利加喬夫的影響力，有利於戈爾巴喬夫從總體上維持部下之間的權力平衡，甚至壓制利加喬夫的部分保守言論，為推進和加速改革造勢。
然而，葉利欽在首都第一書記的位置上，做出“出圈”的事情越來越多，甚至涉足了很多他不該涉足的領域。1987年一月全會前後，葉利欽多次就黨內幹部政策和國家政治改革發表言論，雖說是為了緊跟領袖最高指示，但言論風格依然是大鳴大放，不少話語超出戈爾巴喬夫定的調子。
在“打黑”運動中，葉利欽伺機把首都克格勃和內務局牢牢控制在自己手裡，破壞了兩個系統中央直管的傳統。在天子腳下把首都的強勢部門搞成獨立王國，這在擁有悠久封建傳統的蘇聯是一件十分犯忌諱的事情。而且，葉利欽通過打擊黑手黨和影子經濟，把拳頭伸向了蘇聯商業部、外貿部和上層的高幹特供系統，做了很多本該由戈爾巴喬夫親自管轄和部署的事情，給高層造成了很大壓力，直接威脅到戈爾巴喬夫本人。
1986年下半年開始，葉利欽又把手伸向了外交部門。新任外交部長謝瓦爾德納澤上台以後，大量更換外交部受葛羅米柯青睞的幹部。葉利欽對外交部的老幹部們乘人之危，在蘇聯外交部直屬院校莫斯科國立國際關係學院展開“清掃行動”，配合謝瓦爾德納澤清洗了不少國際關係學院的幹部、智囊，以及在學院“謀生”的外交部幹部子弟。這事在高層鬧得沸沸揚揚。
緊接着，葉利欽在外交政策領域頻頻發聲，擁護對西方緩和，擁護從阿富汗撤軍，擁護削弱蘇聯軍工部門、和美國一起裁軍。但他表現出的不是對領袖的亦步亦趨。在外交政策的很多方面，葉利欽的言論比戈爾巴喬夫走的還要遠。1986年下半年，正是戈爾巴喬夫對西方緩和受挫、裁軍建議被美國多次拒絕的時期。在高層飽受爭議的葉利欽在這個時候煽風點火，增加了戈爾巴喬夫在高層的麻煩。進入1987年，葉利欽的言行更加出格，多次自行會見往來莫斯科的“外國友人”，談吐之間頗多自作主張。
葉利欽對抗利加喬夫，戈爾巴喬夫樂見其成。但是，葉利欽插手意識形態政策、勾結雅科夫列夫，對外交政策說三道四、勾結謝瓦爾德納澤，倡言政治改革、與領袖“搶麥”等等言行是戈爾巴喬夫決不能容忍的。在戈爾巴喬夫看來，葉利欽諸多做法幾乎是想爭奪“第二書記”的位置，已屬大忌中的大忌。正是由於這些原因，戈爾巴喬夫讓葉利欽在1086年2月至1987年6月原地踏步，就是不讓他遞補為政治局委員。
1987年4月，美國國務卿舒爾茨訪蘇，蘇美兩國共同裁軍的前景再度光明起來。1987年5月，戈爾巴喬夫通過莫斯科“紅場事件”大量更換軍方高級將領，全面掌握軍權。1987年六月全會，雅科夫列夫、斯柳尼科夫和尼科諾夫升任政治局委員，戈爾巴喬夫在政治局的權勢更加穩固。這時的領袖已經不再需要一個好惹是生非、卻要他幫忙處理後事的政治局候補委員了。葉利欽前景堪憂。
六月全會過後，戈爾巴喬夫經常去各地視察、宣講六月全會的經濟改革精神。這段時間，政治局和書記處的工作主要由利加喬夫主持。或許是意識到自己民望急劇上升、仕途危險也在急劇變大，或許是發現戈爾巴喬夫在最近幾次全會上架空利加喬夫的權力，身為政治局候補委員的葉利欽在黨內高層辦公會議上展示出一種破釜沉舟的心態，常常與黨內二號人物利加喬夫發生爭吵。此時的利加喬夫也是危機四伏，眼見權力被架空，更加無法接受自己親手提拔的幹部和自己唱對台戲，與葉利欽展開了爭鋒相對的鬥爭。
兩人爭吵的消息很快傳到戈爾巴喬夫的耳朵里。戈爾巴喬夫身為領袖，當然不會被自己的部下所左右。聽到兩位部下爭鬥，他高興還來不及，索性遠離漩渦，去南方休假，進一步觀察事態發展。葉利欽倍感委屈，多次求見戈爾巴喬夫未果，只好給休假中的戈爾巴喬夫寫信、打電話訴苦。戈爾巴喬夫在電話里好言安撫，全無實質性的支持和反對。
葉利欽想錯了一個問題。領袖不可能在權力鬥爭中只對某一位部下押寶，領袖只會團結大多數，打擊一小撮，充當“正義”的仲裁者。之前，戈爾巴喬夫的政策遭遇阻力時，都沒有想過給他這位鐵杆支持者加官進爵。如今，戈爾巴喬夫的權力空前強大，怎麼會為他一個人破壞現有權力格局。這時候，葉利欽還想拖領袖下水，為他主持公道，豈不幼稚可笑？他的前途只能看他自己的造化了，或者說，看他能不能認清形勢，自己給自己台階下。