对“叶利钦事件”的后续处理持续了很长一段时间。11月7日的庆典结束后，叶利钦心脏病复发，于11月9日住院治疗。在他住院当天，戈尔巴乔夫主持召开政治局会议，商议如何处理叶利钦。会议决定，在11月12日召开莫斯科市委全体会议，免去叶利钦的市委第一书记职务，由政治局委员、分管国防工业的中央书记扎伊科夫继任莫斯科市委第一书记。
会后，戈尔巴乔夫亲自通知叶利钦准备在11月12日参会。叶利钦告诉领袖自己病的很严重，能否推迟会期。戈尔巴乔夫拒绝了他的这个要求，同时告诉他，将保留他的苏共中央委员职务，留在国家建委工作，享受部长待遇。11月12日，叶利钦如期到会，强忍着病痛接受自己原来的部下、莫斯科市委多位委员的轮番批评。最后，大家一致选举扎伊科夫担任新的市委第一书记。
散会后，叶利钦接着病休。根据戈尔巴乔夫的指示，1988年1月14日，叶利钦被任命为苏联国家建设委员会第一副主任，享受部长级待遇。1988年2月，苏共召开中央全会，解除叶利钦的政治局候补委员职务。至此，“叶利钦事件”宣告结束。
1987年10月的“叶利钦事件”为苏联历史留下一个巨大悬念。当时和后来的人民都很好奇，戈尔巴乔夫为什么不把叶利钦一撸到底，勒令退休或是发配到某个小国当大使，以绝后患呢？
对此，戈尔巴乔夫在回忆录中解释道，“我没有这样的想法。整人不符合我的性格，更何况这样做是违背我竭力要在党内推行的那种人际关系的精神的。对叶利钦做出重新任命的决定，我的出发点是确信我们的一切都应该建立在同志关系的基础之上。”
叶利钦的分析很有特点，“一个厉害的带刺的、不让党的官僚机构过安稳日子的人是需要的，应当把他安置在身边不远的地方。在这一出生动的戏中，就像在一个好脚本里一样，所有的角色都已经分配好了。利加乔夫——保守派，反面角色；叶利钦——冒进的左派，爱闹事的人，戈尔巴乔夫本人——英明的、无所不知的主角。显然，这一切他都预见到了。”
叶利钦还补充了一个原因，由于十月全会决议猛烈批判叶利钦，“当时，抗议全会决议的信件如巨浪一般，涌向中央委员会，涌向《真理报》编辑部，甚至涌向所有中央级报刊的编辑部。”叶利钦认为，戈尔巴乔夫在做决定时受制于当时社会舆论的压力。
相比较而言，叶利钦说的比戈尔巴乔夫说的更符合政治斗争的游戏规则。综合1985年戈尔巴乔夫上台以来的高层政治权力斗争，主要有两条线。一条是逐个罢黜勃列日涅夫时代的政治人物，提拔戈尔巴乔夫的亲信；另一条是减少安德罗波夫派（利加乔夫和雷日科夫等人）的影响力，扩大戈尔巴乔夫派（雅科夫列夫、斯柳尼科夫和尼科诺夫等人）的权势。两年来，历次大会的人事变动都体现出戈尔巴乔夫的这个思路，最明显的就是1987年的前两次中央全会。
叶利钦是个例外，戈尔巴乔夫一直拿他和利加乔夫的矛盾做文章，配合着提升戈尔巴乔夫派（雅科夫列夫、斯柳尼科夫和尼科诺夫等人）的战略。1987年6月过后，戈尔巴乔夫的绝对权威空前加强，利加乔夫的权势空前削弱。戈尔巴乔夫需要通过打击叶利钦来稳住利加乔夫，维持高层的权力平衡。
现实生活中，很多人听到领导的表扬高兴的不得了，以为自己得到了领导的充分肯定。其实不然，领导表扬你，意味着他对你抱有更大更高的希望，你要加倍努力，而且一定要做出更多的成绩才行。大多数人往往会简单地认为，领导表扬我，是把我当自己人，今后可以高枕无忧了。事实上，领导批评谁才是把谁当自己人。其中的道理和朋友关系一样，彼此客客气气的一定是不熟或是相互有所图的朋友，相互嬉笑怒骂的才是铁哥们。
想必利加乔夫不懂这个道理，他或许以为戈尔巴乔夫真的认可他和中央书记处两年来的工作，真的赞同他主张在意识形态领域保持稳定的观点。他似乎没有意识到“叶利钦事件”的背后，雅科夫列夫等人的权势火箭上升，叶利钦被保留中央委员职务，回到本专业的国家建委一事也没有引起他的警觉。利加乔夫没想过，欠领袖的人情是要用代价来还的，你不好好还，或者故意不还，领袖就会让你加倍偿还。仅仅两三个月后，苏联政局发生了一次莫名其妙的急剧变化，那场变化的漩涡中心就是利加乔夫。

戈尔巴乔夫借处置“叶利钦事件”实现了“一箭三雕”的目的。第一，安抚权力被持续架空的利加乔夫，缓和领袖与二号人物的关系，恢复两人当年形成的战斗友谊；第二，把莫斯科领导人换成相对听话的扎伊科夫，牢牢控制首都不再出现独立王国；第三，空置军事工业综合体的领导者，为即将与美国签订中导裁军条约作准备。
戈尔巴乔夫在这个时候安抚利加乔夫，有其不得不做的理由。十月全会前夕，戈尔巴乔夫不顾利加乔夫等人的反对，主导苏共中央政治局通过决议，成立由政治局委员索洛缅采夫和雅科夫列夫负责的“大清洗”时期案件审查委员会，准备对那个时期的冤案进行平反。这项工作牵涉面广、敏感性强，必需得到利加乔夫的支持。戈尔巴乔夫在十月全会当众表扬利加乔夫、批判叶利钦，无疑是给利加乔夫一个盛大是礼物，表达对他的补偿和支持。
戈尔巴乔夫推荐扎伊科夫接任莫斯科市委第一书记，表面理由是，扎伊科夫在列宁格勒成长，当过两年列宁格勒州委第一书记，有管理大城市的经验；深层原因是，派扎伊科夫去莫斯科主持工作能够保证中央对首都政令畅通，他从契尔年科时代开始就对戈尔巴乔夫表现出忠诚；更深层次的原因是，扎伊科夫虽然对领袖忠诚，但原则立场很强，自1986年7月担任主管国防工业的中央书记以来，多次抵触戈尔巴乔夫对美国发出的大规模裁军的建议。
戈尔巴乔夫不会傻到把自己的忠臣推向对立面。然而，国防工业领导人是政治局委员，对于外交缓和和对外裁军的话语权太大，不利于戈尔巴乔夫推动更大规模的裁军。眼瞅着马上要去美国访问，戈尔巴乔夫必须排除万难，减小阻力。把扎伊科夫调开，使国防工业领导人的位置空出来，有利于戈尔巴乔夫乾纲独断。
戈尔巴乔夫有意空置主管国防工业的中央书记职务，直到1988年2月，才任命通用机器制造部部长巴克拉诺夫接任。那时候，距离戈尔巴乔夫访问美国与里根签署《美苏消除两国中程和中短程导弹条约》的1987年12月8日已经过去了两个多月。
以上就是对“叶利钦事件”全过程若干争议之处的记述。在过去相当长的时间里，各种主流舆论总是把叶利钦被从轻发落的原因解释为戈尔巴乔夫为人宽容，处事开明，具有民主作风，与斯大林一类的暴君截然不同。面对叶利钦这样大逆不道的党员部下，能够从宽处理，体现出戈尔巴乔夫在莫斯科大学西式现代教育熏陶出来的言论自由观念，也说明他是与众不同富有时代意义的苏联领导人。甚至在苏联解体后，人们纷纷惋惜戈尔巴乔夫的善良为自己留下了一位潜在能量巨大的对手。
产生这些结论不足为怪。一方面，是当时的人们身在其中，没有客观、冷静考虑问题的环境，也没有全面掌握苏联史料的条件，只能对事件本身就事论事，而没有跳出“叶利钦事件”，查找该事件与其先后发生的一些事件之间存在的联系。另一方面，苏联解体后，戈尔巴乔夫被国际主流舆论评价为伟大的改革者、苏联民主的旗帜和世界和平的卫士，把他对叶利钦的处理评价为心慈手软符合必要逻辑。
1987年的“叶利钦事件”再一次显示出戈尔巴乔夫对国家政局强大控制能力。当下属们进行激烈博弈时，他能确保政治局势不失控，使各方势力依然围绕在自己的大旗之下，完美展现了他处变不惊，长袖善舞，推动国家按照自己的政治思路前进的现实操控能力。面对利加乔夫在意识形态领域的反对声，他通过打击叶利钦，稳住了利加乔夫，得以让自己的思想家雅科夫列夫着手开始政治冤案平反工作，开启属于领袖的新的政治征程。
让叶利钦在党内保留中央委员的身份，在政府担任国家建委担任第一副主任，是戈尔巴乔夫在高层为防范以利加乔夫为首的“保守势力”布下的一颗“闲棋”。在这颗“闲棋”被起用之前，可以让叶利钦干一些本专业的工作。可惜的是，戈尔巴乔夫没想到，叶利钦经过1987年10月的重大政治挫折之后，已经不甘心做棋子。他时刻等待着做棋手，直至成为把戈尔巴乔夫当棋子的棋手。
叶利钦的戏没有这么快开始，而和平裁军的第一场戏终于在1987年12月正式落幕。在那里，他将和美国总统里根签署一份前所未有的裁军协议。

为筹备戈尔巴乔夫1987年对美国的访问，苏美两国付出了长时间的努力。努力的共同方向是中程导弹领域的裁军问题，这种努力在1986年10月雷克雅未克会谈之前就开始了，初现端倪是在1987年2月底戈尔巴乔夫提出“双零点”方案，并以1987年4月美国国务卿舒尔茨访问苏联形成互动标志。在这次访问中，戈尔巴乔夫颇为意外地接受了销毁射程为400公里的“SS-23”型导弹，让舒尔茨看到了戈尔巴乔夫的诚意。
舒尔茨回国后，在美国国内和西欧盟国做了广泛的宣传工作，使苏联的“双零点”方案再次进入美国政府高层议事日程，并获得西欧盟国谅解。之后，美国象征性地提出新的条件，希望不撤出部署在西欧的“潘兴-2”型导弹，只卸下核弹头，改造成装载常规弹头的老式短程导弹“潘兴-IB”。
戈尔巴乔夫不在意这种细节问题，继续抓宏观领域，提议不仅在西欧削减中程导弹，还要在全球范围内实施“双零点”方案。6月11日，北约召开外长会议，一致同意苏联的建议。数天之后，中国和日本等亚洲国家也表示赞成苏联最新的全球“双零点”方案。6月15日，美国在苏联建议基础上，提出了自己的全球“双零点”方案。7月22日，戈尔巴乔夫宣布接受美国的最新提议。
苏联接受美国的最新提议后，美国政府继续加码，重申希望苏联彻底销毁“SS-23”型导弹的立场。相比舒尔茨访苏时的口头提问不同，这一次是美国政府的公开声明。对此，苏联军方和军工综合体再次向领袖表达反对意见，被领袖否决后又提出反建议，在未来的对美谈判中，将中程导弹射程下限调整为400公里，这样就可以把部署在西德境内的美国“长矛-2”型导弹囊括在内，抵消苏联销毁“SS-23”型导弹的损失。
9月，苏联外交部长谢瓦尔德纳泽奉命访问美国，为年底戈尔巴乔夫访美做准备。当美国国务卿舒尔茨再次提出有关销毁“SS-23”型导弹问题的苏联立场时。谢瓦尔德纳泽爽快答应。不知道是戈尔巴乔夫没有向自己的外长通报军方和军工综合体的意见，还是谢瓦尔德纳泽自作主张，总之，苏联外长没有向美国提出任何交换条件。
谢瓦尔德纳泽回国后遭到军方和军工综合体的广泛批评，为此，戈尔巴乔夫不得不再度出面调停外交部与军方的矛盾。10月23日，也就是叶利钦事件发生后的第三天，舒尔茨再次访问苏联，为迎接戈尔巴乔夫访美做最后阶段的准备工作。双方谈妥各种协议草案之后，舒尔茨代表里根总统邀请戈尔巴乔夫在11月底访问美国。戈尔巴乔夫认为，定在12月中旬为好。
舒尔茨不知道，这时的戈尔巴乔夫不仅要花时间处理叶利钦事件，还要拿军工综合体开刀，不仅要巩固自己的领袖权威，还要清扫对美外交的反对意见。11月7日，莫斯科红场举行十月革命胜利70周年庆典和盛大阅兵式，戈尔巴乔夫登上列宁墓观礼台向全国人民发表重要讲话，并检阅三军。11月12日，叶利钦被降职使用，军工综合体负责人扎伊科夫被调往莫斯科担任市委第一书记。苏联政局恢复稳定，外交决策的阻碍减小。
12月7日，戈尔巴乔夫携夫人和一众文武官员访问美国，受到美国方面的热烈欢迎。当时，美国人民对他的好感度甚至高于本国的里根总统。著名的《时代周刊》将戈尔巴乔夫评为1987年“年度风云人物”。美国公民们不仅在电视上关注苏联领袖的新闻，而且纷纷上街试图一睹戈尔巴乔夫的风采。戈尔巴乔夫第一次踏上美国的土地，就赢得了殊荣。
12月8日，戈尔巴乔夫与里根共同签署《苏联和美国消除两国中程和中短程导弹条约》，将在未来3年内销毁所有的射程为500到5500公里的陆基巡航导弹和弹道导弹，并在10年内销毁上述导弹所载核弹头。这一批核弹头占当时两国核武库总和的4%左右。
从具体的削减数字来看，美国需要削减859枚导弹和859颗核弹头，苏联需要削减1752枚导弹和2572枚核弹头。因为，苏联的410枚“SS-20”型导弹为三弹头导弹。尽管从数字来看，苏联明显吃亏，但这毕竟走出了苏美关系实质性缓和的第一步，为下一阶段继续削减核武器和洲际导弹打下了基础。
这个条约不仅为世界和平创造了有利形势，还使部署在西伯利亚瞄准中国的苏联导弹进入削减阶段，为不久的将来实现中苏关系正常化表示了诚意。