1985年戈爾巴喬夫上台後，駐阿富汗蘇軍在4月至9月夏秋兩季發動的大規模軍事行動基本以失敗告終。這一年的敗局顯示出蘇軍在阿富汗兵力的嚴重短缺。事實再次證明，不滿10萬人的蘇聯軍隊無力控制阿富汗。據駐阿富汗的蘇軍第40集團軍參謀部統計，在133個營的全部蘇軍中，有82個營負責防禦：23個營守衛公路，14個營守衛機場，23個營守衛軍事和經濟目標，22個營守衛地方政府。除此以外，用於進攻的機動部隊僅有51個營，僅占總兵力的38%，人數勉強超過三萬。與此同時，阿富汗政府軍銳減至不足五萬人。可是，他們面對的卻是人數超過20萬、控制着國土總面積的80％、國內總人口的70％、全國縣鎮總數的90％的各路起義軍。戰爭前景一目了然！
嚴峻的現實迫使克里姆林宮不得不正視現實，1985年10月，蘇共中央政治局召開會議，確定對阿富汗政策的新目標：儘快解決撤軍問題，並確保阿富汗的“友好政權”能穩定存在。會議還決定，為實現這一目標，要從軍事上和政治上兩方面努力。緊接着，蘇聯把阿富汗領導人卡爾邁勒邀請到莫斯科，通報蘇聯撤軍意向，並再次確認，繼續向阿富汗提供軍事裝備和經濟援助。
卡爾邁勒聽後表示強烈反對：“如果你們現在就走，那下一次你們就得被迫派遣上百萬士兵。”當他聽到蘇軍兵力不足時，大言不慚地說道：“去調動我們的軍隊吧，把他們當成自己的軍隊指揮吧！”仿佛他那幾萬人槍是天兵天將，可以以一當十。
針對卡爾邁勒的表態，戈爾巴喬夫等人作了一番耐心的說服工作。最後，卡爾邁勒勉強答應“尋求新的途徑來調解阿富汗內部矛盾；理解出現的情況，將在最短時間內採取措施來落實蘇方表達的意思”。1985年11月20日，卡爾邁勒主持阿富汗人民民主黨第16次中央委員會全體會議，宣布“黨應該與那些也願意加入新社會的建設中的其他政黨共同行使國家權力”。在這次會議上，阿富汗情報局長納吉布拉升任阿富汗人民民主黨中央書記處書記，負責統管情報總局、武裝部隊、警察、民兵。
卡爾邁勒1985年在莫斯科反對蘇聯撤軍的表現成為日後戈爾巴喬夫決心在阿富汗換人的導火線。卡爾邁勒的態度不可能改變戈爾巴喬夫撤軍的決心。只是，在撤軍之前，戈爾巴喬夫仍然想用一次局部戰役的勝利來維持蘇聯的體面，增加日後與美國談判的砝碼。不過，這一次，蘇聯決心讓阿富汗政府軍打主攻，鍛煉他們的隊伍，防止在蘇軍撤走後，人民民主黨政權迅速崩潰。
1986年2月底，蘇共召開二十七大。卡爾邁勒率領阿富汗人民民主黨代表團出席會議。3月6日，會議結束。戈爾巴喬夫“建議”卡爾邁勒留在莫斯科“養病”。緊接着，在卡爾邁勒缺席的情況下，人民民主黨召開第17次中央全會，全會沒有提及卡爾邁勒的名字。在黨內高層，納吉布拉一派多次批評卡爾邁勒的政策，認為他缺少領導人的素質，應該下台。
納吉布拉1947年出生於阿富汗首都喀布爾的一個官商家庭，普什圖族。其祖父在老家帕克蒂亞省當過普什圖族一個強大部落分支的首領。納吉布拉的父親曾受達烏德賞識，被派往巴基斯坦擔任阿富汗駐該國商務官員。納吉布拉的家庭背景宏大，屬於阿富汗主流民族普什圖族，有部落、政治和商業背景，兼具封建地主階級和官僚資產階級雙重身份。
剝削階級家庭出身的納吉布拉在年輕時為自己選擇了革命道路。1964年，納吉布拉考上喀布爾大學醫學院。1965年，年僅18歲的納吉布拉秘密加入成立不到一年的阿富汗人民民主黨。入黨後，他積極參加革命活動，在1966年兩次被捕入獄。1967年，人民民主黨分裂為人民派與旗幟派，納吉布拉選擇跟隨旗幟派的卡爾邁勒。1970年，納吉布拉在美國副總統斯皮羅?西奧多?阿格紐訪問阿富汗期間組織反美遊行，再次被捕入獄。出獄後，被旗幟派選舉為喀布爾市市委書記。
納吉布拉在喀布爾大學醫學院讀了十一年書，1975年博士畢業。此後，他一邊行醫救人，一邊革命救國。他沒有固定的工作醫院，以游醫的身份行走阿富汗多個省份。1977年，人民民主黨人民派和旗幟派結束分裂，重新合併。這一年，納吉布拉當選該黨中央委員。

1978年4月，阿富汗人民民主黨奪取政權。在新政權中，納吉布拉被任命為喀布爾市市委書記，負責新政權在首都的黨務工作。不久，塔拉基和阿明等人發起對旗幟派的大清洗。1978年7月，納吉布拉被免除職務，外派德黑蘭，擔任阿富汗駐伊朗大使。1978年10月，納吉布拉被免去大使職務，被迫流亡南斯拉夫。
1979年12月，蘇聯出兵阿富汗，納吉布拉等旗幟派黨員跟隨卡爾邁勒回國，被任命為國家情報總局局長，被授予少將軍銜，執掌阿富汗情報機構。在蘇聯克格勃的支持下，納吉布拉迅速建立起兩三萬人的秘密警察隊伍，派往全國各地，開展情報工作。1981年6月，納吉布拉當選政治局委員。1983年4月，晉升中將。
相比一觸即潰的阿富汗政府軍和有氣無力的阿富汗新政權，納吉布拉領導下的特務機關更有戰鬥力。他們主導的對起義軍分化瓦解和挑撥離間可圈可點，使得蘇軍和阿富汗政府軍在軍事總體不利態勢下能夠勉強維持。相反，各路起義軍在外援充足、總體人數占優的有利條件下始終停留在游擊戰水平，無力攻占大城市和交通樞紐。各路起義軍在抵抗鬥爭中沉溺內鬥，無論在阿富汗國內還是在外援基地白沙瓦，口誅筆伐不斷，甚至大打出手。
無論納吉布拉領導下的秘密鬥爭成果多麼卓越，依舊沒有改變人民民主黨政權搖搖欲墜的現實。只是，與擅長演講的卡爾邁勒比起來，比他年輕18歲的納吉布拉看上去更有朝氣和行動力。經過5年多的戰事，阿富汗政府軍下降到不足5萬人，納吉布拉領導下的秘密警察隊伍卻年年壯大，發展到超過8萬人。他們與克格勃密切合作，支持着蘇軍在阿富汗的行動。
由於工作原因，納吉布拉給前任克格勃主席安德羅波夫、現任克格勃主席切布里科夫和克格勃副主席兼對外情報總局局長克留奇科夫留下了深刻的印象。與之相反的是，駐阿蘇軍對納吉布拉的評價不高。在蘇聯軍方看來，納吉布拉像極了阿明，是一位普什圖民族主義者，是卡爾邁勒時期“鐵腕”政策的推行者。
蘇聯軍方認為，納吉布拉是“聰明、狡猾、無情的政治家”，“虛榮，好權勢”，“任人唯親，受重用者大都是親戚和同鄉”。“人們懼怕他，不相信他”。“他建立了國中之國，建立了為個人利益服務的機構”。“關於國家安全部門在他授意下濫用職權的傳說很多”。“他不相信人民派，永遠會敵視他們”。“正是在納吉布拉慫恿下，黨政幹部中間盜竊和貪污成風，其程度完全超過了國王執政時期”。
蘇聯軍方還認為，納吉布拉有反蘇傾向，在國家安全部門解除過一些“親蘇分子”的職務。此外，納吉布拉身上有濃重的封建殘餘，出生部落首領家庭，娶了已逝國王阿卜杜拉赫曼汗（在位期間割讓阿富汗領土給英屬印度）的孫女為妻。由此，蘇聯軍方認為，“他不會代表人民的利益”。
戈爾巴喬夫上台後，軍方的力量在最高權力格局中失勢，對於阿富汗的戰事，戈爾巴喬夫更願意聽從克格勃的意見。蘇共二十七大結束後，蘇共中央政治局開會商討阿富汗領導人的新人選。政治局委員、克格勃主席切布里科夫提名納吉布拉，給出五項理由：
“第一，納吉布拉年輕，現年只有三十九歲，正是治理國家的黃金年齡；第二，納吉布拉是阿富汗極少的幾個政績突出者之一，過去幾年，國家情報局已成為游擊隊來自阿富汗國內的最強大的敵人，它在暗殺和收買游擊隊領導人方面取得了非凡的成功，並為維護阿富汗的社會穩定作出了突出的貢獻；第三，納吉布拉有着深厚的政治基礎，他是一名受過克格勃訓練的醫生，作為學生領袖步人政壇，是卡爾邁勒早期的得力助手，在四月革命勝利後，他成了革命委員會的正式成員；第四，納吉布拉與蘇聯有着豐富的合作經驗，是蘇聯駐阿富汗克格勃的最佳合作者；第五，納吉布拉的出身有利於阿富汗政黨的團結，他一方面是旗幟派的主要領導人之一，另一方面又出身於普什圖族，與絕大多數人民派黨員是同族關係。”
會議接受了切布里科夫的提議，決定扶持納吉布拉上台。

1986年2月 至3月卡爾邁勒滯留蘇聯期間，納吉布拉以阿富汗人民民主黨中央書記的身份臨時主持全面工作。早在1985年10月的阿富汗人民民主黨第十七次中央全會上，納吉布拉受命在中央書記處分管軍隊、國安部、內務部和民兵等強力部門，掌控了黨政軍的實際權力。當他得知蘇聯確定撤軍後，主動與蘇軍聯絡，毅然領導政府軍展開新的軍事行動。
經過與駐阿蘇軍密切協調，納吉布拉集中了54個營的阿富汗政府軍，於1986年2月28日，向駐阿蘇軍和政府軍久攻不下的阿富汗邊境城市霍斯特展開進攻。在蘇聯空軍和裝甲部隊的掩護下，政府軍終於在4月19日占領赫斯特全城，士氣大振！與此同時，蘇軍在阿富汗北部的巴達赫尚和巴格蘭，東部的楠格哈爾和帕克蒂亞等省同時展開軍事行動，摧毀起義軍的多個根據地。阿富汗的形勢又開始朝有利於蘇聯的方向發展。
5月4日，阿富汗人民民主黨召開第十八次中央全會，選舉納吉布拉為總書記。會議結束不久，阿富汗政府軍再次集中兵力，在帕克蒂亞省向起義軍發動進攻，取得了新的勝利。進入6月，阿富汗政府軍和蘇軍一道，同時在北部的帕爾旺省、東部的拉格曼省、南部的坎大哈省和西部的赫拉特省發起攻勢，令起義軍損失慘重。
面對蘇軍和政府軍的強大攻勢，起義軍領袖之一、“阿富汗伊斯蘭聯盟”領導人布爾漢努丁?拉巴尼（後來的阿富汗北方聯盟元首）於1986年6月趕赴美國拜會美國總統里根，要求總統為抵抗組織提供更多的、特別是用於空中和地面防禦的有效武器。里根表示了對抵抗聯盟的堅定支持。7月份開始，美制“毒刺”導彈進入起義軍手中，同時抵達的還有教授“毒刺”導彈操作的美國專家。在後來的戰鬥中，“毒刺”導彈對蘇聯直升機造成巨大損失，很大程度上抵消了蘇軍的空中優勢。
駐阿蘇軍和阿富汗政府軍在1986年上半年取得的諸多勝利雖然給起義軍帶去了巨大壓力。但是，戈爾巴喬夫和納吉布拉清醒地認識到，這種勝利是局部的和暫時的，他們擁有的兵力並不足以打敗人數眾多的游擊隊，蘇軍疲於奔命的態勢沒有得到根本改觀。
7月28日，戈爾巴喬夫在海參崴發表公開講話，宣布蘇軍將在1986年下半年從阿富汗撤出一個坦克團、兩個機械化步兵團和三個防空團，共計6個團的兵力，以示蘇聯要為阿富汗恢復和平的誠意。7月30日，納吉布拉亦發表公開講話，號召起義軍各政黨的領導人回國，承諾願意和他們一起組建新政府，並呼籲在巴基斯坦和伊朗的阿富汗難民回歸祖國，共建家園。
面對蘇聯和政府的“和平誠意”，各路起義軍置之不理，紛紛休整隊伍，秣兵厲馬，準備反攻。在北方，馬蘇德將薩曼甘、巴爾赫、塔哈爾、昆都士、巴達赫尚、巴格蘭和卡皮薩七個省的起義軍整合在一起，於7月30日成立聯合指揮部，總部設在巴格蘭；在西部，赫拉特省的起義軍聯合起來，向赫拉特市展開進攻，於8月份一度占領該市，搗毀市內60多處軍事哨所後撤離；在東部，起義軍在帕克蒂亞省相約會攻納吉布拉的老家卡拉姆地區，於8月18日攻入，並將納吉布拉家的祖宅付之一炬；在南方，起義軍於7月下旬攻入坎大哈市，在城內與蘇軍和政府軍展開巷戰。
對於風雲變幻、瞬間逆轉的阿富汗戰局，蘇聯方面邀請美國政府派人來莫斯科商談。9月3日，美國負責近東和南亞事務的助理國務卿阿諾德?拉斐爾與蘇聯外交部中東司司長尤里?阿列克謝耶夫就恢復阿富汗和平展開會談，由於雙方分歧太大，僅僅一天就談崩了。事後，蘇聯宣布這次會談在更多的意義上是在為蘇美第二次最高級會談作準備。
蘇聯的這次公開表態沒有說謊，在1986年更多的時間裡，蘇聯確實是在籌備和美國總統里根的新一輪會談。

正當戈爾巴喬夫在阿富汗醞釀更換領導人之時，1986年4月26日，蘇聯切爾諾貝利核電站發生爆炸。切爾諾貝利核電站位於烏克蘭北部，距首都基輔110公里，離烏克蘭與白俄羅斯邊界16公里，是蘇聯在1977年建成使用的核電站，至1986年事故發生時已有四個機組投入使用，還有兩個在建機組。切爾諾貝利核事故對於剛剛結束蘇共二十八大的蘇聯和戈爾巴喬夫、利加喬夫與雷日科夫等人無異于晴天霹靂，為即將開始的全面改革蒙上一層濃厚的陰影，也為未來一系列政治經濟民族危機埋下種子。
1986年4月26日，星期六，這一天的早上，蘇聯部長會議主席雷日科夫在家中吃罷早飯，準備出門去單位加班。關門的那一刻，他聽到急促的電話鈴聲，返回家中接了電話。電話的那一頭是能源部部長阿納托利?馬約列茨，“很抱歉打擾您，但是，可能發生了重大事故，在切爾諾貝利核電站。”
“是可能，還是真的發生了重大事故？能不能說具體點？”
“具體情況現在我也不太清楚，我們正設法與切爾諾貝利取得聯繫。”
“我半小時後到達辦公室，希望你在這段時間立即和切爾諾貝利取得聯繫，把發生的一切都搞清楚。”
雷日科夫焦慮不安地抵達辦公室，立即撥通能源部部長馬約列茨的電話，問他具體爆炸點在哪，是機房還是核反應堆。馬約列茨說是核反應堆。雷日科夫瞬間意識到問題的嚴重性，命令馬約列茨立即趕往切爾諾貝利事故現場先行了解情況，同時，他召集部分原子能、反應堆、化學等方面的科學家和專家準備組成政府臨時工作委員會。雷日科夫回憶，“上午11 時， 成立政府臨時委員會的決定得到了批准。”
燃料能源綜合體管理局局長鮑里斯?葉夫多基莫維奇?謝爾賓納被任命為臨時委員會的負責人。由於謝爾賓納在俄羅斯聯邦南部的奧倫堡州檢查油氣田工作，委員會成員只好在莫斯科等他回來一起出發。下午16時，臨時委員會乘飛機從莫斯科前往基輔。晚上20時，臨時委員會趕到了切爾諾貝利。
整個晚上，雷日科夫都在焦急地等待委員會的調查結果。接近凌晨時分，雷日科夫終於等來了謝爾賓納的電話，“核電站四號機組的渦輪機組在進行非正式試驗時，接連發生兩次爆炸；反應堆機房被炸毀，數百人受到核輻射，兩人當場死亡。輻射情況非常複雜，暫時還無法作最後的結論。”
謝爾賓納接着說：“臨時委員會成員已經按照各自的專業和分工劃分成若干小組開始工作，但必須派軍隊參與事故處理工作，急需大型直升機；另外還需要化學部隊，越快越好。”
時間進入後半夜，雷日科夫來不及請示，便自作主張，越權調動軍隊。由於國防部長索科洛夫元帥在外地出差，不在莫斯科，雷日科夫直接把電話打到總參謀長阿赫羅梅耶夫元帥。沒過多久，謝爾賓納打電話請示雷日科夫，建議將緊靠核電站的普里皮亞季鎮的居民緊急疏散。雷日科夫同意了。
當天夜裡，總參謀長迅速完成了總理交待的任務，27日清晨，由防化兵司令皮卡洛夫將軍率領的防化兵部隊趕到了切爾諾貝利，與他們同時出現的是由安托什金將軍率領的直升機部隊。部隊抵達後，毫無遲疑地服從了臨時委員會的調度，投入到調查和疏散工作中去。
與此同時，1000多輛汽車連夜趕往普里皮亞季鎮。烏克蘭鐵路局向普里皮亞季鎮發出三趟專列。與切爾諾貝利毗鄰的幾個區派出代表參加臨時委員會的工作，共同研究居民疏散範圍。27日下午14時，疏散工作正式啟動，大約三小時後，普里皮亞季鎮四萬多居民被遷移他處。
4月28日，星期一，政治局召開會議。雷日科夫向政治局報告了政府臨時委員會近兩天的工作情況，包括居民疏散的情況。事故造成核電站的四號機組被毀，三號機組停機，只有一、二號機組仍在繼續運行。根據直升機拍攝的照片，四號機組的石墨片被炸飛到四周的開闊地上，炸口處升起的白煙有數百米高。反應堆的殘餘物仍在燃燒，存在巨大危險，必須將其撲滅。