1985年戈尔巴乔夫上台后，驻阿富汗苏军在4月至9月夏秋两季发动的大规模军事行动基本以失败告终。这一年的败局显示出苏军在阿富汗兵力的严重短缺。事实再次证明，不满10万人的苏联军队无力控制阿富汗。据驻阿富汗的苏军第40集团军参谋部统计，在133个营的全部苏军中，有82个营负责防御：23个营守卫公路，14个营守卫机场，23个营守卫军事和经济目标，22个营守卫地方政府。除此以外，用于进攻的机动部队仅有51个营，仅占总兵力的38%，人数勉强超过三万。与此同时，阿富汗政府军锐减至不足五万人。可是，他们面对的却是人数超过20万、控制着国土总面积的80％、国内总人口的70％、全国县镇总数的90％的各路起义军。战争前景一目了然！
严峻的现实迫使克里姆林宫不得不正视现实，1985年10月，苏共中央政治局召开会议，确定对阿富汗政策的新目标：尽快解决撤军问题，并确保阿富汗的“友好政权”能稳定存在。会议还决定，为实现这一目标，要从军事上和政治上两方面努力。紧接着，苏联把阿富汗领导人卡尔迈勒邀请到莫斯科，通报苏联撤军意向，并再次确认，继续向阿富汗提供军事装备和经济援助。
卡尔迈勒听后表示强烈反对：“如果你们现在就走，那下一次你们就得被迫派遣上百万士兵。”当他听到苏军兵力不足时，大言不惭地说道：“去调动我们的军队吧，把他们当成自己的军队指挥吧！”仿佛他那几万人枪是天兵天将，可以以一当十。
针对卡尔迈勒的表态，戈尔巴乔夫等人作了一番耐心的说服工作。最后，卡尔迈勒勉强答应“寻求新的途径来调解阿富汗内部矛盾；理解出现的情况，将在最短时间内采取措施来落实苏方表达的意思”。1985年11月20日，卡尔迈勒主持阿富汗人民民主党第16次中央委员会全体会议，宣布“党应该与那些也愿意加入新社会的建设中的其他政党共同行使国家权力”。在这次会议上，阿富汗情报局长纳吉布拉升任阿富汗人民民主党中央书记处书记，负责统管情报总局、武装部队、警察、民兵。
卡尔迈勒1985年在莫斯科反对苏联撤军的表现成为日后戈尔巴乔夫决心在阿富汗换人的导火线。卡尔迈勒的态度不可能改变戈尔巴乔夫撤军的决心。只是，在撤军之前，戈尔巴乔夫仍然想用一次局部战役的胜利来维持苏联的体面，增加日后与美国谈判的砝码。不过，这一次，苏联决心让阿富汗政府军打主攻，锻炼他们的队伍，防止在苏军撤走后，人民民主党政权迅速崩溃。
1986年2月底，苏共召开二十七大。卡尔迈勒率领阿富汗人民民主党代表团出席会议。3月6日，会议结束。戈尔巴乔夫“建议”卡尔迈勒留在莫斯科“养病”。紧接着，在卡尔迈勒缺席的情况下，人民民主党召开第17次中央全会，全会没有提及卡尔迈勒的名字。在党内高层，纳吉布拉一派多次批评卡尔迈勒的政策，认为他缺少领导人的素质，应该下台。
纳吉布拉1947年出生于阿富汗首都喀布尔的一个官商家庭，普什图族。其祖父在老家帕克蒂亚省当过普什图族一个强大部落分支的首领。纳吉布拉的父亲曾受达乌德赏识，被派往巴基斯坦担任阿富汗驻该国商务官员。纳吉布拉的家庭背景宏大，属于阿富汗主流民族普什图族，有部落、政治和商业背景，兼具封建地主阶级和官僚资产阶级双重身份。
剥削阶级家庭出身的纳吉布拉在年轻时为自己选择了革命道路。1964年，纳吉布拉考上喀布尔大学医学院。1965年，年仅18岁的纳吉布拉秘密加入成立不到一年的阿富汗人民民主党。入党后，他积极参加革命活动，在1966年两次被捕入狱。1967年，人民民主党分裂为人民派与旗帜派，纳吉布拉选择跟随旗帜派的卡尔迈勒。1970年，纳吉布拉在美国副总统斯皮罗?西奥多?阿格纽访问阿富汗期间组织反美游行，再次被捕入狱。出狱后，被旗帜派选举为喀布尔市市委书记。
纳吉布拉在喀布尔大学医学院读了十一年书，1975年博士毕业。此后，他一边行医救人，一边革命救国。他没有固定的工作医院，以游医的身份行走阿富汗多个省份。1977年，人民民主党人民派和旗帜派结束分裂，重新合并。这一年，纳吉布拉当选该党中央委员。

1978年4月，阿富汗人民民主党夺取政权。在新政权中，纳吉布拉被任命为喀布尔市市委书记，负责新政权在首都的党务工作。不久，塔拉基和阿明等人发起对旗帜派的大清洗。1978年7月，纳吉布拉被免除职务，外派德黑兰，担任阿富汗驻伊朗大使。1978年10月，纳吉布拉被免去大使职务，被迫流亡南斯拉夫。
1979年12月，苏联出兵阿富汗，纳吉布拉等旗帜派党员跟随卡尔迈勒回国，被任命为国家情报总局局长，被授予少将军衔，执掌阿富汗情报机构。在苏联克格勃的支持下，纳吉布拉迅速建立起两三万人的秘密警察队伍，派往全国各地，开展情报工作。1981年6月，纳吉布拉当选政治局委员。1983年4月，晋升中将。
相比一触即溃的阿富汗政府军和有气无力的阿富汗新政权，纳吉布拉领导下的特务机关更有战斗力。他们主导的对起义军分化瓦解和挑拨离间可圈可点，使得苏军和阿富汗政府军在军事总体不利态势下能够勉强维持。相反，各路起义军在外援充足、总体人数占优的有利条件下始终停留在游击战水平，无力攻占大城市和交通枢纽。各路起义军在抵抗斗争中沉溺内斗，无论在阿富汗国内还是在外援基地白沙瓦，口诛笔伐不断，甚至大打出手。
无论纳吉布拉领导下的秘密斗争成果多么卓越，依旧没有改变人民民主党政权摇摇欲坠的现实。只是，与擅长演讲的卡尔迈勒比起来，比他年轻18岁的纳吉布拉看上去更有朝气和行动力。经过5年多的战事，阿富汗政府军下降到不足5万人，纳吉布拉领导下的秘密警察队伍却年年壮大，发展到超过8万人。他们与克格勃密切合作，支持着苏军在阿富汗的行动。
由于工作原因，纳吉布拉给前任克格勃主席安德罗波夫、现任克格勃主席切布里科夫和克格勃副主席兼对外情报总局局长克留奇科夫留下了深刻的印象。与之相反的是，驻阿苏军对纳吉布拉的评价不高。在苏联军方看来，纳吉布拉像极了阿明，是一位普什图民族主义者，是卡尔迈勒时期“铁腕”政策的推行者。
苏联军方认为，纳吉布拉是“聪明、狡猾、无情的政治家”，“虚荣，好权势”，“任人唯亲，受重用者大都是亲戚和同乡”。“人们惧怕他，不相信他”。“他建立了国中之国，建立了为个人利益服务的机构”。“关于国家安全部门在他授意下滥用职权的传说很多”。“他不相信人民派，永远会敌视他们”。“正是在纳吉布拉怂恿下，党政干部中间盗窃和贪污成风，其程度完全超过了国王执政时期”。
苏联军方还认为，纳吉布拉有反苏倾向，在国家安全部门解除过一些“亲苏分子”的职务。此外，纳吉布拉身上有浓重的封建残余，出生部落首领家庭，娶了已逝国王阿卜杜拉赫曼汗（在位期间割让阿富汗领土给英属印度）的孙女为妻。由此，苏联军方认为，“他不会代表人民的利益”。
戈尔巴乔夫上台后，军方的力量在最高权力格局中失势，对于阿富汗的战事，戈尔巴乔夫更愿意听从克格勃的意见。苏共二十七大结束后，苏共中央政治局开会商讨阿富汗领导人的新人选。政治局委员、克格勃主席切布里科夫提名纳吉布拉，给出五项理由：
“第一，纳吉布拉年轻，现年只有三十九岁，正是治理国家的黄金年龄；第二，纳吉布拉是阿富汗极少的几个政绩突出者之一，过去几年，国家情报局已成为游击队来自阿富汗国内的最强大的敌人，它在暗杀和收买游击队领导人方面取得了非凡的成功，并为维护阿富汗的社会稳定作出了突出的贡献；第三，纳吉布拉有着深厚的政治基础，他是一名受过克格勃训练的医生，作为学生领袖步人政坛，是卡尔迈勒早期的得力助手，在四月革命胜利后，他成了革命委员会的正式成员；第四，纳吉布拉与苏联有着丰富的合作经验，是苏联驻阿富汗克格勃的最佳合作者；第五，纳吉布拉的出身有利于阿富汗政党的团结，他一方面是旗帜派的主要领导人之一，另一方面又出身于普什图族，与绝大多数人民派党员是同族关系。”
会议接受了切布里科夫的提议，决定扶持纳吉布拉上台。

1986年2月 至3月卡尔迈勒滞留苏联期间，纳吉布拉以阿富汗人民民主党中央书记的身份临时主持全面工作。早在1985年10月的阿富汗人民民主党第十七次中央全会上，纳吉布拉受命在中央书记处分管军队、国安部、内务部和民兵等强力部门，掌控了党政军的实际权力。当他得知苏联确定撤军后，主动与苏军联络，毅然领导政府军展开新的军事行动。
经过与驻阿苏军密切协调，纳吉布拉集中了54个营的阿富汗政府军，于1986年2月28日，向驻阿苏军和政府军久攻不下的阿富汗边境城市霍斯特展开进攻。在苏联空军和装甲部队的掩护下，政府军终于在4月19日占领赫斯特全城，士气大振！与此同时，苏军在阿富汗北部的巴达赫尚和巴格兰，东部的楠格哈尔和帕克蒂亚等省同时展开军事行动，摧毁起义军的多个根据地。阿富汗的形势又开始朝有利于苏联的方向发展。
5月4日，阿富汗人民民主党召开第十八次中央全会，选举纳吉布拉为总书记。会议结束不久，阿富汗政府军再次集中兵力，在帕克蒂亚省向起义军发动进攻，取得了新的胜利。进入6月，阿富汗政府军和苏军一道，同时在北部的帕尔旺省、东部的拉格曼省、南部的坎大哈省和西部的赫拉特省发起攻势，令起义军损失惨重。
面对苏军和政府军的强大攻势，起义军领袖之一、“阿富汗伊斯兰联盟”领导人布尔汉努丁?拉巴尼（后来的阿富汗北方联盟元首）于1986年6月赶赴美国拜会美国总统里根，要求总统为抵抗组织提供更多的、特别是用于空中和地面防御的有效武器。里根表示了对抵抗联盟的坚定支持。7月份开始，美制“毒刺”导弹进入起义军手中，同时抵达的还有教授“毒刺”导弹操作的美国专家。在后来的战斗中，“毒刺”导弹对苏联直升机造成巨大损失，很大程度上抵消了苏军的空中优势。
驻阿苏军和阿富汗政府军在1986年上半年取得的诸多胜利虽然给起义军带去了巨大压力。但是，戈尔巴乔夫和纳吉布拉清醒地认识到，这种胜利是局部的和暂时的，他们拥有的兵力并不足以打败人数众多的游击队，苏军疲于奔命的态势没有得到根本改观。
7月28日，戈尔巴乔夫在海参崴发表公开讲话，宣布苏军将在1986年下半年从阿富汗撤出一个坦克团、两个机械化步兵团和三个防空团，共计6个团的兵力，以示苏联要为阿富汗恢复和平的诚意。7月30日，纳吉布拉亦发表公开讲话，号召起义军各政党的领导人回国，承诺愿意和他们一起组建新政府，并呼吁在巴基斯坦和伊朗的阿富汗难民回归祖国，共建家园。
面对苏联和政府的“和平诚意”，各路起义军置之不理，纷纷休整队伍，秣兵厉马，准备反攻。在北方，马苏德将萨曼甘、巴尔赫、塔哈尔、昆都士、巴达赫尚、巴格兰和卡皮萨七个省的起义军整合在一起，于7月30日成立联合指挥部，总部设在巴格兰；在西部，赫拉特省的起义军联合起来，向赫拉特市展开进攻，于8月份一度占领该市，捣毁市内60多处军事哨所后撤离；在东部，起义军在帕克蒂亚省相约会攻纳吉布拉的老家卡拉姆地区，于8月18日攻入，并将纳吉布拉家的祖宅付之一炬；在南方，起义军于7月下旬攻入坎大哈市，在城内与苏军和政府军展开巷战。
对于风云变幻、瞬间逆转的阿富汗战局，苏联方面邀请美国政府派人来莫斯科商谈。9月3日，美国负责近东和南亚事务的助理国务卿阿诺德?拉斐尔与苏联外交部中东司司长尤里?阿列克谢耶夫就恢复阿富汗和平展开会谈，由于双方分歧太大，仅仅一天就谈崩了。事后，苏联宣布这次会谈在更多的意义上是在为苏美第二次最高级会谈作准备。
苏联的这次公开表态没有说谎，在1986年更多的时间里，苏联确实是在筹备和美国总统里根的新一轮会谈。

正当戈尔巴乔夫在阿富汗酝酿更换领导人之时，1986年4月26日，苏联切尔诺贝利核电站发生爆炸。切尔诺贝利核电站位于乌克兰北部，距首都基辅110公里，离乌克兰与白俄罗斯边界16公里，是苏联在1977年建成使用的核电站，至1986年事故发生时已有四个机组投入使用，还有两个在建机组。切尔诺贝利核事故对于刚刚结束苏共二十八大的苏联和戈尔巴乔夫、利加乔夫与雷日科夫等人无异于晴天霹雳，为即将开始的全面改革蒙上一层浓厚的阴影，也为未来一系列政治经济民族危机埋下种子。
1986年4月26日，星期六，这一天的早上，苏联部长会议主席雷日科夫在家中吃罢早饭，准备出门去单位加班。关门的那一刻，他听到急促的电话铃声，返回家中接了电话。电话的那一头是能源部部长阿纳托利?马约列茨，“很抱歉打扰您，但是，可能发生了重大事故，在切尔诺贝利核电站。”
“是可能，还是真的发生了重大事故？能不能说具体点？”
“具体情况现在我也不太清楚，我们正设法与切尔诺贝利取得联系。”
“我半小时后到达办公室，希望你在这段时间立即和切尔诺贝利取得联系，把发生的一切都搞清楚。”
雷日科夫焦虑不安地抵达办公室，立即拨通能源部部长马约列茨的电话，问他具体爆炸点在哪，是机房还是核反应堆。马约列茨说是核反应堆。雷日科夫瞬间意识到问题的严重性，命令马约列茨立即赶往切尔诺贝利事故现场先行了解情况，同时，他召集部分原子能、反应堆、化学等方面的科学家和专家准备组成政府临时工作委员会。雷日科夫回忆，“上午11 时， 成立政府临时委员会的决定得到了批准。”
燃料能源综合体管理局局长鲍里斯?叶夫多基莫维奇?谢尔宾纳被任命为临时委员会的负责人。由于谢尔宾纳在俄罗斯联邦南部的奥伦堡州检查油气田工作，委员会成员只好在莫斯科等他回来一起出发。下午16时，临时委员会乘飞机从莫斯科前往基辅。晚上20时，临时委员会赶到了切尔诺贝利。
整个晚上，雷日科夫都在焦急地等待委员会的调查结果。接近凌晨时分，雷日科夫终于等来了谢尔宾纳的电话，“核电站四号机组的涡轮机组在进行非正式试验时，接连发生两次爆炸；反应堆机房被炸毁，数百人受到核辐射，两人当场死亡。辐射情况非常复杂，暂时还无法作最后的结论。”
谢尔宾纳接着说：“临时委员会成员已经按照各自的专业和分工划分成若干小组开始工作，但必须派军队参与事故处理工作，急需大型直升机；另外还需要化学部队，越快越好。”
时间进入后半夜，雷日科夫来不及请示，便自作主张，越权调动军队。由于国防部长索科洛夫元帅在外地出差，不在莫斯科，雷日科夫直接把电话打到总参谋长阿赫罗梅耶夫元帅。没过多久，谢尔宾纳打电话请示雷日科夫，建议将紧靠核电站的普里皮亚季镇的居民紧急疏散。雷日科夫同意了。
当天夜里，总参谋长迅速完成了总理交待的任务，27日清晨，由防化兵司令皮卡洛夫将军率领的防化兵部队赶到了切尔诺贝利，与他们同时出现的是由安托什金将军率领的直升机部队。部队抵达后，毫无迟疑地服从了临时委员会的调度，投入到调查和疏散工作中去。
与此同时，1000多辆汽车连夜赶往普里皮亚季镇。乌克兰铁路局向普里皮亚季镇发出三趟专列。与切尔诺贝利毗邻的几个区派出代表参加临时委员会的工作，共同研究居民疏散范围。27日下午14时，疏散工作正式启动，大约三小时后，普里皮亚季镇四万多居民被迁移他处。
4月28日，星期一，政治局召开会议。雷日科夫向政治局报告了政府临时委员会近两天的工作情况，包括居民疏散的情况。事故造成核电站的四号机组被毁，三号机组停机，只有一、二号机组仍在继续运行。根据直升机拍摄的照片，四号机组的石墨片被炸飞到四周的开阔地上，炸口处升起的白烟有数百米高。反应堆的残余物仍在燃烧，存在巨大危险，必须将其扑灭。