如果以人类在使用抗生素开始为时间点，有的天然细菌，在人类在使用抗生素前，已经拥有了某些抗生素的抗性基因，比如一些质粒上带有的抗性基因。

有的细菌，是在人类使用抗生素的时间段，发生了突变，比如导致抗生素的靶位点失效，从而表观上表现为细菌的抗药性。在使用抗生素的过程中，那些发生突变但不具有抗药性的细菌被抗生素要么抑制生长，要么被杀死，而那些具有抗药性突变的细菌，在有一些抗生素的环境里生存了下来，也就是说因为它们的特殊能力，它们被筛选了出来。请注意，这些抗药性的细菌是被筛选出来的，不是由于他们多智慧，知道朝着什么方向去发生突变。

你问：＂抗药基因＂是定向选择出来的突变，还是细菌DNA序列本就有的基因？

这个问题本身就是外行问的问题。怎么算细菌DNA本来就有？一切生物都在进化的过程中，进化是动态的，本来不本来要有时间概念，漫天问的问题，或许只有上帝知道什么时候才能算是本来。