[据美国《航宇日报》2012年9月18日报道]即将上任的F-35项目主管称联合项目办公室、用户和主承包商洛马公司之间的不良关系已经成为影响该项目成功的最大威胁。9月17日美国空军少将Christopher Bogdan 在空军的一次会议中称这是其在管理复杂的国防部项目生涯中看到的最坏的关系。Bogdan称他就职后打算快速打破合作伙伴之间的障碍。

多年来，F-35项目的合同谈判都是充满争论且拖拉的。以小批量生产（LRIP）第4批次和第5批次合同为例，历时都超过1年，这对于一群已经合作超过11年的合作伙伴而言是不可思议的。第5批次小批量生产合同仍在协商，Bogdan指出已经有更多的来自以往批次的真实费用数据帮助实现定价。这可能意味着Bodgan打算采用类似于波音KC-46A项目的合同授予方式，即制造商将利用进入全速生产之后的利润来弥补项目早期的损失。但对于F-35项目而言，大约在本年代末才可能进入全速生产。他还指出由于谈判陷入停顿，“我们正好可以借机放慢速度”，目前由于研制和生产的大量并行，已经给该项目办公室带来了巨大的费用超支。而加快项目进度则一直是洛马公司的一个目标，因为这样该公司可以加速生产，从而获得更多利润。

Bogdan称截止目前为止，他还完全没有考虑到EADS和BAE系统公司的合并提案，会对F-35项目带来什么麻烦。他拒绝就这个问题发表任何评论，但称目前为止并没有因为BAE深深涉入F-35项目而阻碍两家合并。

同时，Bogdan还在制定计划为F-35持续保障项目铺平道路。他打算在该飞机项目的持续保障中引入全部或部分竞争机制，促使产生创新和经济可承受性。之前，绝大部分观点认为洛马公司很可能在承包商持续保障活动中实现垄断。Bogdan称“该项目持续保障的基本策略已经逐渐发生改变”。例如，洛马公司制造了自主式后勤与信息系统（ALIS），这是一个管理来自任务规划直至飞机诊断和零部件供应的所有信息的综合系统。Bogdan 称“它对于飞机使用而言如此重要，以至于有点可怕，因为如果这个系统不工作，飞机将不工作。”他打算考虑寻找办法在持续保障中引入竞争——将工作给承包商或允许来自国防部基地系统的更多活动。

另外，由于之前发现了安全漏洞，洛马公司最新的ALIS软件版本（1.3批次）已经延迟，虽然目前这些问题得到了修正，但 Bogdan称该问题将在11月份中旬、美国海军陆战队组建首个F-35B中队后才能得到确认。如果软件得不到改进，海军陆战队的飞机将无法起飞，而那无疑将是一场“灾难”。另外，1.3批次软件的问题也延误了洛马公司沃斯堡工厂F-35总装线最新下架飞机的交付。