波多黎各政府為三權分立共和體制：行政部門、立法部門、與司法部門。其中行政部門由總督領導，也是波多黎各最高行政長官；立法部門為兩院制，由參議院和眾議院組成；司法部門法官由總督提名經參議院同意任命。波多黎各司法體制為混合歐陸法系和英美法系，因為之前西班牙為歐陸法系但美國則為英美法系。總督和議員為直接民選，每任任期四年。波多黎各共劃分為78個市（municipalities），分別選出自己的市長和市議會。

波多黎各政治定位

波多黎各正式上仍為美國的一個「未合併領土」，但其人口數量比22個州還要多（其它未合併領土人口數量均遠小於人口最少的懷俄明州）。

2012年11月6日，波多黎各公投61%贊成成為美國第51州。這是舉行的類似公投中的第四次；前三次贊成建州者均未達到多數。此次公投由兩輪投票構成。在第一輪中，波多黎各人就「在與美國關係上是否想改變現狀」進行投票。180萬人具有投票資格，有6.5萬人放棄了第一輪投票，在參加投票的人中，54%的人支持改變關係。隨後，波多黎各人就如何作出改變進行選擇，有「成為美國一州」、「擴大自治權」和「完全獨立」三個選項供投票者選擇。在此輪投票中，只有130萬人進行了投票，最終61%的民眾支持成為美國第51個州，約33%希望擴大自治權，而僅有5%的人贊成完全獨立。但尚需美國國會通過才能真正成為一州。