最大的当然是发动机噪声，任何进过船只动力舱的人都会为那噪声之大而震惊，基本上就是跟旁边的人大声喊才能相互听清。传动系统噪声与前者通常被视为一类，通常用浮法减震来解决。 其次是螺旋桨噪声，它是螺旋桨搅动海水产生的。设计不佳的螺旋桨高速运转时会产生大量超空泡，破裂时噪声不小。低速大侧斜七叶桨和泵推都是解决办法。 第三是流体噪声，即海水流过潜艇表面的声音。这需要减少潜艇阻力和外表突出物来解决。 不同潜艇在工况下各种噪声的影响大小各异。对低速航行的常规潜艇来说，流体噪声和螺旋桨噪声都很小，此时斯特林发动机的噪声就太突出了，而燃料电池基本没噪声。