台湾高铁是世界上至今为止最大的BOT（建设、经营、移交）项目，为建设这条总长345公里，设计最高运营时速300公里的铁路，作为项目方的台湾高铁公司总投资达到约4800亿新台币（按2007年汇率约合1200亿人民币），平均每公里造价约合3.47亿元人民币左右。这还不是实际的全部投资，虽然号称完全的BOT模式，但台政府仍然为高铁工程另外支付了1057亿元新台币的费用，主要包括规划设计、购地拆迁与相关配套工程等。相对比，京沪高铁全长1318公里，设计最高运营时速380公里，根据审计署2011年跟踪审计结果显示，除个别不影响运营的附属配套工程外，京沪高铁总投资约为1963亿元人民币，如果包括南京大胜关长江大桥等独立项目，则为2209亿元人民币，基本与原投资计划一致。显然，无论按绝对额度计算，还是相对比较，台湾高铁的建设成本都要高的多。

例如在投标阶段时，“台湾高铁联盟”原来是主张采用欧洲系统的，但在1999年部分工程已经正式开始后，却突然转成为了以日本新干线技术为主。此事经媒体披露，原由是日本采取政治拉拢的手段，时任东京都知事的石原慎太郎、自民党参议员村上正邦和前运输大臣平沼赳夫先后访问台湾，与当时的台当局领导人秘密商讨政经交换。于是在开标前，日本《产经新闻》就大幅报道，日企在台湾高铁的竞争中将会反败为胜。果然在开标后，日企拿到了核心的机电工程合约，合同金额高达950亿元新台币，其后日企又陆续拿到了另外590亿元的轨道铺设工程。