1502年2月，瓦斯科·达·伽马再度率领船队开始了第二次印度探险，目的是建立葡萄牙在印度洋上的海上霸权地位。船队途经基尔瓦时，达·伽马背倍弃义把该国埃米尔扣押到自己的船上，威胁埃米尔臣服葡萄牙向葡萄牙国王进贡。船队在坎纳诺尔附近海面上，达·伽马捕俘了一艘阿拉伯商船，将船上几百名乘客，包括妇女儿童全部烧死。据一名葡萄牙目击者叙述：“……在持续了长时间的战斗之后，司令以残暴和最无人性的手段烧毁了那只船，烧死了船上所有的人。”为了减弱和打击阿拉伯商人在印度半岛上的利益，达·伽马下令卡利卡特城统治者驱逐该地阿拉伯人，尔后又在附近海域的一次战斗中，击溃了阿拉伯船队。
达·伽马在马林迪雇用了当地舵手，1498年5月20日，远航到了印度西南部的卡里卡特。（卡里卡特也就是今日印度西部港市“科泽科德”的旧称）。他在当地与地方统治者SamoothriRaja（英语是Zamorin）进行从阿拉伯运来的贸易路线协谈时，起了一些剧烈冲突。最后达·伽马让步，以一封模拟两可的海路权信件为协谈条件，并拒绝留下他船上的物品做为抵押。
1502年2月12日，他率领20艘军舰再度出发，准备用葡萄牙的军事力量来巩固这一条新开的海路，达伽马率领着20艘军舰，在东非海岸摧毁了Kilwa港附近富有的阿拉伯部落并强迫他们献上贡品和学习葡萄牙语。他也在阿拉伯商船中打劫，最后抵达印度卡里卡特时，他的船队已扩编到29艘，很快的征服了该地，并掠夺了大量的贵重商品。
