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科学故事:Omicron是哪里来的圣贤?
送交者:  2021年12月08日11:35:57 于 [世界时事论坛] 发送悄悄话

材料取自网络各大新闻媒体,小思翻译,编辑和评论!


科学故事:Omicron是哪里来的圣贤?

另一条:福奇:Omicron几乎肯定不会比Delta严重


南非新变种发现以来,人人关注它如何改变大流行轨迹,另一个谜团是Omicron来自何方,是哪里的圣贤,以及如何进化的,它为我们避免未来的危险变体带来了什么教训。我以科学杂志的一片小评论来讲个小故事,大科学家如何猜测病毒变异,观点形形色色,百花齐放,百家争鸣。

Omicron 显然不是从早期关注的变体之一中开发出来的,例如 Alpha 或 Delta。它似乎是平行进化的——而且是在黑暗中夜晚突然窜出来的一个东西。伯尔尼大学病毒学家 Emma Hodcroft 说,Omicron 与数百万公开共享的 SARS-CoV-2 基因组如此不同,以至于很难确定其最近的亲属。它可能很早就与其他菌株发生了分歧,至少追溯到 2020 年中期。

这引发了一个问题--Omicron 的前任潜伏了一年多。科学家们提出三种可能的解释:1) 该病毒可能在几乎没有监测和测序的人群中传播和进化;2) 它可能在慢性感染的 COVID-19 患者中孕育成长; 3) 可能是在非人类物种中进化而来的,最近又从非人类物种中传播回人类。

柏林 Charité 大学医院的病毒学家 Christian Drosten 支持第一种可能性。 “我认为这不是在进行大量测序的南非发生的,而是在冬季浪潮期间发生在南部非洲的其他地方。在很长一段时间内有很多感染发生,要让这种病毒进化,你真的需要巨大的进化压力。”

但是爱丁堡大学的 Andrew Rambaut 无法理解病毒是如何在一群人中隐藏这么久: “我不确定世界上是否真的有足够隔离的地方,这种病毒可以传播这么长时间,而不会在不同地方出现”。相反,Rambaut 和其他人提出该病毒最有可能在慢性感染的 COVID-19 患者身上发展,该患者可能是免疫反应因另一种疾病或药物而受损的人。当 Alpha 于 2020 年末首次被发现时,该变体似乎也同时获得了许多突变,这导致研究人员假设一种慢性感染。这一想法得到了一些慢性感染患者样本测序的支持。

“我认为支持它的证据越来越强,”夸祖鲁-纳塔尔大学传染病研究员理查德·莱塞尔斯(Lesells)说。他在预印本中描述了南非的一名不受控制的 HIV 感染的年轻女性携带 SARS-CoV-2 超过 6 个月。该病毒积累了许多在令人担忧的变种中看到的相同变化,这种模式也出现在另一名 SARS-Cov-2 感染持续时间更长的患者身上。

为了阻止未来变异的一种可能来源,莱塞尔斯说:“我们需要做的是缩小 HIV 治疗级联中的差距。所以我们需要让每个人都得到诊断,我们需要让每个人都接受治疗,我们需要让那些目前正在接受无效治疗的人接受有效的治疗方案。”

但德罗斯滕说,免疫抑制患者慢性感染流感和其他病毒的经验与 Omicron 的这一假设相反。逃避免疫系统的变异确实会在这些人身上发展,但它们会带来许多其他变化,使他们无法在人与人之间传播。 “这些病毒在现实世界中的适应度非常低。”这是因为随着时间的推移,允许病毒在一个人体内存活的突变可能与最好地从一个人传播到另一个人所需的突变大不相同。

柏林高级研究所的进化生物学家杰西卡·梅特卡夫 (Jessica Metcalf) 不太确定 SARS-CoV-2 是否如此。 “我认为这种病毒突变如此出色的一个原因是更好地结合 ACE2 [人体细胞上的受体]有助于宿主内传播和宿主间传播。”不过,就目前而言,她同意 Drosten 的观点,即 Omicron 很可能在隐藏的人群中传播和进化。

一些人认为病毒可能隐藏在啮齿动物或其他动物身上,而不是人身上,因此经历了不同的进化压力,选择了新的突变。 “基因组真是太奇怪了,”斯克里普斯研究公司的传染病研究员克里斯蒂安·安德森 (Kristian Andersen) 指着它的突变混合体说,其中许多突变以前从未在其他变体中出现过。

“这很有趣,它是多么的不同,”亚利桑那大学图森分校的进化生物学家 Mike Worobey 说。 Worobey 指出,尽管他支持免疫抑制的人作为 Omicron 的来源,但根据最近的预印本,2020 年 11 月下旬至 2021 年 1 月上旬在爱荷华州采样的白尾鹿中有 80% 携带 SARS-CoV-2。 这确实让我想知道那里的其他物种是否会被慢性感染,随着时间的推移,这可能会提供这种选择压力。”

牛津大学进化生物学家 Aris Katzourakis 说,现在排除任何关于 Omicron 起源的理论还为时过早,但鉴于人类感染的数量之多,他对动物的情况持怀疑态度。 “如果我们成功地抑制了病毒,我会开始更加担心动物宿主,然后我可以将其视为可能隐藏的地方。”

许多全球卫生领导者利用 Omicron 的出现将全世界的注意力集中在富裕国家和贫穷国家的 COVID-19 疫苗接种之间的巨大差距上。流行病防范创新联盟负责人理查德·哈切特 (Richard Hatchett) 于 11 月 29 日在世界卫生大会上发表讲话时说,南非和博茨瓦纳的疫苗覆盖率低为该变种的进化“提供了肥沃的环境,作为全球应对措施的特征的全球不公平现在已经根深蒂固。”

然而,一些科学家表示,几乎没有证据支持这一说法。 “如果我们在非洲接种更多疫苗,我们就不会有这种想法:我希望这是真的,但我们实际上无法知道”。

确实公说公有理,婆说婆有理。目前为止,人们对此变种知之甚少,要从 Omicron 吸取的教训与其起源一样未知。

佛奇今日表示:新冠病毒新变异株Omicron的程度不一定会比Delta严重。以3个主要方面来判断:传染性、逃避先前感染和疫苗免疫的程度、造成的疾病严重程度。佛奇说,Omicron“显然具高度传染性”,比Delta更易传播,再感染率更高。南非正在追踪的一些病例发现,感染人数与住院人数之间的比率似乎低于Delta。

佛奇说,一种不会导致更严重疾病、不会导致住院和死亡人数激增的传染性更强的病毒株是“最好的情况”,“最糟糕的情况是,它不仅具高度传染性,而且还会导致重症,然后又会出现另一波感染,而这一波感染还不一定能被疫苗或人们先前感染所产生的免疫力所抑制。”

 

Omicron变种病毒株,与新冠病毒其它病毒株有所不同。

南非医学协会主席安吉丽·库切医生表示,感染Omicron变种病毒的患者,看起来与之前感染的其他变种病毒,例如Delta,患者的反应有所不同。库切医生表示:“它与Delta完全不同”;她表示,感染Omicron的患者,没有表现出感染Delta一样的丧失味觉与嗅觉、需要补充氧气或脉搏加快等情况。库切医生表示:“这十分像感冒或流感类型的症状”。Omicron患者有出现头痛及身体疼痛,以及轻微喉咙痛,但没有严重咳嗽,亦没有像上呼吸道感染那样流鼻水或鼻塞。较之前疫情浪潮中的患者,所出现的病情较轻。在42名患者小样本研究发现,这些患者往往比之前疫情中的患者年龄较轻,其中,逾80%患者的年龄在50岁以下。研究人员指出,这些患者中,大部分不需要吸氧气——与该医院之前的疫情形成鲜明对比;患者中,不少人最初是因为其他原因入院,之后才验出感染新冠病毒。

因此,有些愉快的只看光明前途的医生,科学家和普通人都充满希望,希望这是最终战胜新官统靴的一个契机,如果把握得当。曙光即在前头

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