国民党总统候选人马英九以689万1139票、得票率达51.6024%，成功连任。民进党总统候选人蔡英文输了近80万票，探讨这次民进党的败选原因，最主要还是输在两岸议题。

最重要的是，前美国在台协会台北办事（AIT）处长包道格，以及各企业财团负责人在选前关键时刻，公开为「九二共识」或为马英九背书，确实为国民党的安定牌生成加乘效果。

至於民进党总统候选人蔡英文提出的「台湾共识」、「大联合政府」，以及「协商式民主」等议题，仍难以说服绝多数台湾选民。

蔡英文在选战期间虽然提出不少开创性政见，包括「在地经济」、「非自用住宅实价课税」、「2025非核家园」、「社会住宅」等，但政见主张与内容未能深入 基层与一般民众，加上被对手阵营炮打内容空洞，因此得分不多。不过，在某种程度也反应，多数的选民似乎不太重视候选人的政见。

另外，对蔡英文个人而言，受伤最重的就是「宇昌案」，在选前最後一周虽有数百名科学家和学术界人士公开力挺，连前总统李登辉也表态支持，但蔡英文对宇昌案说不清楚，也讲不明白，却以政治打压回击，反而流失中间选票，也是败选的因素之一。