渚碧礁原為一近似梨形的封閉形環礁，呈東北-西南走向，長約6.5km，寬約3.7km，面積約 16.1km2。礁內湖水深10～22m，最大水深24m，面積7.05km2。礁坪西寬（500～800m）東窄（約200m），通常水深只有 2～3m。

礁外水深急陡，湖內有碎浪，原本沒有入口，礁盤上有部分低潮時露出水面，漲潮淹沒。2012年8月，新的大規模施工已經開始，位置在東北礁坪上，具體未知。