公元1902年，清政府开始依照《辛丑条约》赔偿俄、德、法、英、美、日、意、奥八国及比、荷、西、葡、瑞典和挪威六“受害国”的军费、损失费等款项 4.5亿两白银，本息合计98224万两白银，至1940年止，分39年还清，史称“庚子赔款”。至此，中国财政、经济全面破产。

1906 年，美国传教士明恩溥向罗斯福总统建议，用清朝政府的“庚子赔款”在中国兴学和资助中国学生来美国留学。在明恩溥等人推动之下，罗斯福总统向国会提出赞助中国教育的谘文，1908年由国会通过，并正式宣布退还“庚子赔款”的半数，计1160余万美元给中国，作为资助留美学生之用。为了开展派遣留美学生工作，清政府于1911年在北京开设了清华留美预备学校，1924年改名为“清华大学”。1924年，美国国会再次通过决议，将其余的庚子赔款用于中国，成立“中国文教促进基金会”，掌管的金额为1254.5万美金，北洋政府任命了由10名中国人和5名美国人组成的托管董事会。

1917年俄国十月社会主义革命成功后，苏联政府宣布放弃帝俄在中国的一切特权，包括退还庚子赔款中尚未付给的部分。俄国人在中国的特权也将取消，而所有这些的交换条件只有一个：北洋政府承认新生的苏维埃政权。1924年5月，两国签订《中俄协定》，其中规定退款用途，除偿付中国政府业经以俄款为抵押品的各项债务外，余数全用于中国教育事业，由中苏两国派员合组的《俄国退还庚子赔款委员会》负责处理。

1926年，英国国会通过退还中国庚子赔款议案，退款用于向英国选派留学生等教育项目，并派斯科塞尔来S+hKdJ/W华制定该款使用细则，胡适曾任“中英庚款顾问委员会”中方顾问。

此后，在美国的带领下各国纷纷退还庚子赔款，用于中国教育和文化交流事业，如1925年，比利时在订立中比协定时退还庚款；1933年，意大利于订立中意协定时，退还庚款；1926年，荷兰在将庚款全部还给中国，但指定用于水利事业65%，文化事业35%……，唯有日本一分未退。

在清代的所有对中国发动侵略战争国家中，日本掠夺中国的财产最多。从甲午战争日本获得清朝2.3亿两白银作为军费赔偿；庚子赔款日本获得了银元9154万元。用这些钱，日本发展了教育和军工业为其今日经济强国奠定了基础。当各国纷纷退还庚子赔款时，日本却始终坚持以挪用庚子赔款的手段，在华搞所谓的“文化事业“，实为1937年后的侵华战争做准备。