长平曾担任过《南方周末》新闻部主任、《外滩画报》副总编辑、《南都周刊》副总编辑及执行总编辑。2001年任《南方周末》新闻部主任时，因“张君案”报道^[1]被撤职。

此后于2003年至2004年间赴美国加州大学伯克利分校任访问学者。回国后赴上海创办《外滩画报》。

2007年重返广州，出任《南方都市报》下属的《南都周刊》副总编辑，后任执行总编辑兼总主笔。2008年4月西藏三一四事件发生后，他因在英国《金融时报》中文网发表《西藏：真相与民族主义情绪》一文，招致网民及《北京晚报》等媒体的攻击，被撤去副总编辑一职。^[2]后调任至南都传播研究院任研究员。

2010年8月起，南方报业集团在压力下禁止《南方都市报》、《南方周末》等下属媒体刊登他的评论文章。2011年1月底，被南方报业集团解聘。有人在互联网上发起了联名支持及捐款活动，随后相关消息在新浪微博等被全面屏蔽。^[3][4]

现为德国之声《北京观察》栏目特约作者。