4月17日，武汉国民党中央发表命令，宣布开除蒋介石的国民党党籍，免去其本兼各职，“着全体将士及革命民众团体”，将蒋介石“拿解中央，按反革命罪条例惩治”。并将国民革命军第一集团军所统率的第一、第二、第三、第四方面军及总预备队划归中央军事委员会直辖指挥。

讽刺的是，其中损失最多的是国民党员，很多人后来大批投共：

1927年4月中共“五大”召开时统计党员人数5万余人，国民党清党后一度变成1万多人，1928年6月中共“六大”召开时，亦即国民党“清党”运动结束后，其总人数反又大幅超过“五大”时的统计人数，达到7万人。

而国民党在1926年统计普通党员为60万人，到1928年底，清党结束后，仅剩22万人。