錯誤涉及我幾天前所發的文章“新冠君，你額頭的Lab金印怎麼洗”。

該文第7部分“7.SARS-CoV-2帶有實驗室載體pShuttle的核苷酸序列INS1378”說：
“SARS-CoV-2的基因序列中，有一個長度為1378的核苷酸序列INS1378，它來自實驗室多功能載體pShuttle SN vector。。。”

這一說法參考自美國匹茲堡大學高級研究員詹姆斯·萊昂斯-魏勒 (James Lyons-Weiler)的有關文章。

2020年1月30日，James Lyons-Weiler 在其個人網站發表了一篇題為“On the Origins of the 2019-nCoV Virus, Wuhan, China”的文章，
https://jameslyonsweiler.com/2020/01/30/on-the-origins-of-the-2019-ncov-virus-wuhan-china/

這篇文章還有一篇關聯文章：Moderately Strong Confirmation of a Laboratory Origin of 2019-nCoV
https://jameslyonsweiler.com/2020/02/02/moderately-strong-confirmation-of-a-laboratory-origin-of-2019-ncov/

文章的主要觀點包括：
1）最相似的蝙蝠冠狀病毒（CoVZC45）與2019-nCoV之間缺乏基因序列同源性；
2）新冠基因組中的核苷酸子序列INS1378與SARS刺突蛋白的序列高度相似；
3）INS1378與pShuttle-SN載體質粒也具有顯著的序列相似性，該載體可用於生產SARS疫苗；
4）2019-nCoV非常可能是實驗室用來製備SARS疫苗的重組病毒。

在審視、完善“新冠君，你額頭的Lab金印怎麼洗”一文過程中，我細讀了Lyons-Weiler的原文，也查閱了網上的相關文章。已有網友指出Lyons-Weiler的文章存在分析錯誤。在比較研究了正反兩方面的看法後，我的結論是：
Lyons-Weiler的邏輯與判斷確實存在問題，INS1378與實驗室載體pShuttle-SN並無必然關聯，含有INS1378，也並非新冠（即SARS-CoV-2）產生於實驗室的可靠證據；
我前文的第7.部分也存在相應的問題，“INS1378來自實驗室載體pShuttle-SN”這一判斷並不成立。

下面陳述我的理由。

1）INS1378與SARV-CoV刺突蛋白（S蛋白）的序列一致性（可匹配度）並不高，僅為67.77%；它與pShuttle-SN的序列一致性也並不顯著，同樣僅為67.77%。INS1378與pShuttle-SN，與所有SARV-CoV病毒株基因序列的一致性都是67.77%，對INS1378來說，pShuttle-SN與SARS-CoV並無不同。如果可以說，INS1378來自pShuttle-SN，那麼，也可以說INS1378來自SARS-CoV。

下圖是用NCBI（National Center for Biotechnology Information）工具Blast得到的INS1378在基因數據庫中的搜索匹配結果列表（部分），中間一行是INS1378與“Expression vector pShuttle-SN”的基因序列匹配情況，二者的序列一致性，或者說可匹配度為67.77%。

b）INS1378與兩種舟山病毒CoVZC45，CoVZXC21的一致性分別為70.31%，69.76%，皆高於其與pShuttle-SN或SARS-CoV的一致性（67.77%），與其說INS1378來自pShuttle-SN，那麼，還不如說INS1378來自CoVZC45或CoVZXC21。參見下圖。

c）Expression vector pShuttle-SN質粒基因序列共有5607個鹼基對，它自編號945開始的一段長為1525的鹼基對序列，與SARS-CoV（以病毒株SARS coronavirus BJ162代表）自編號21447開始的一段長為1526的鹼基對序列高度匹配，在1526個對應位置中，匹配的鹼基對有1520個，一致度（匹配度）高達1520/1526=99.61%。下圖為比照結果的截圖（匹配段序列較長，截圖只顯示了前面一小部分匹配段）。

Blast Job Title     AY862402:Expression vector pShuttle-SN, complete...

Expression vector pShuttle-SN與SARS-CoV（SARS coronavirus BJ162）基因序列匹配情況

d）Expression vector pShuttle-SN與SARS-CoV二者長為1526的高度匹配區域，包含它們各自與INS1378的最佳匹配區域，因而，INS1378與二者的最佳匹配區域，幾乎沒有什麼不同，這就是INS1378與二者的一致性相同，皆為67.77%的原因。

e）Expression vector pShuttle-SN與SARS-CoV高度匹配的原因是，Expression vector pShuttle-SN中長為1525的序列，本來就是從SARS-CoV的S蛋白中克隆來的。在實驗室用SARS-CoV的S蛋白與（缺陷型）腺病毒合成SARS疫苗時，要將SARS-CoV的S蛋白，克隆到pShuttle質粒中，這一操作得到的一份含有SARS-CoV S蛋白的pShuttle質粒重組克隆體實例，就是Expression vector pShuttle-SN。2004年12月21日，中山大學腫瘤防治中心將Expression vector pShuttle-SN的基因序列，提交至國際基因庫GenBank。參見下圖。

關於腺病毒SARS疫苗的專利情況及疫苗製備方法，可參見下面兩個圖。

綜上所述，“7. SARS-CoV-2帶有實驗室載體pShuttle的核苷酸序列INS1378”這一說法並不成立，尚無事實和邏輯可得出“SARS-CoV-2中的核苷酸序列INS1378與實驗室載體pShuttle有關”這一判斷。

需要說明的是，雖然我認為，Lyons-Weiler就INS1378與pShuttle-SN關係的判斷是錯誤的，但他有些看法我仍然認同，例如：
a）2019-nCoV進化樹分支的bootstrap值（自展值）較低，僅為76，是進化樹各分支中最低的。這說明該分支（源於自然進化）的可信度較低。

b）2019-nCoV與蝙蝠冠狀病毒的基因序列同源性較差，且序列一致性關係不連貫，存在明顯的間斷gap，這也說明2019-nCoV不太可能由蝙蝠冠狀病毒自然進化產生。

SARS-CoV-2與舟山病毒CoVZC45序列一致性關係dot plot圖，圖中有非常明顯的間斷gap。NC_045512是SARS-CoV-2的NCBI refseq（登錄號），MG772933是CoVZC45的Accession number。


確實少了一道“金印”。但是，新冠君額頭的其它六道Lab“金烙印”仍赫然在目，“新冠君，你額頭的Lab金印怎麼洗”一文其它各部分的內容，分結論和文章總的結論依然成立。

有一個事實不知大家是否注意到了，早在2003-2004年間，中山大學就已經能夠用SARS-CoV的S蛋白與腺病毒骨架來合成人工病毒（疫苗）了。