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关于“新冠INS1378序列来自实验室载体”的错误更正
送交者:  2020年06月26日12:29:58 于 [世界时事论坛] 发送悄悄话

错误涉及我几天前所发的文章“新冠君,你额头的Lab金印怎么洗”。

该文第7部分“7.SARS-CoV-2带有实验室载体pShuttle的核苷酸序列INS1378”说:
“SARS-CoV-2的基因序列中,有一个长度为1378的核苷酸序列INS1378,它来自实验室多功能载体pShuttle SN vector。。。”

这一说法参考自美国匹兹堡大学高级研究员詹姆斯·莱昂斯-魏勒 (James Lyons-Weiler)的有关文章。

2020年1月30日,James Lyons-Weiler 在其个人网站发表了一篇题为“On the Origins of the 2019-nCoV Virus, Wuhan, China”的文章,
https://jameslyonsweiler.com/2020/01/30/on-the-origins-of-the-2019-ncov-virus-wuhan-china/

这篇文章还有一篇关联文章:Moderately Strong Confirmation of a Laboratory Origin of 2019-nCoV
https://jameslyonsweiler.com/2020/02/02/moderately-strong-confirmation-of-a-laboratory-origin-of-2019-ncov/

文章的主要观点包括:
1)最相似的蝙蝠冠状病毒(CoVZC45)与2019-nCoV之间缺乏基因序列同源性;
2)新冠基因组中的核苷酸子序列INS1378与SARS刺突蛋白的序列高度相似;
3)INS1378与pShuttle-SN载体质粒也具有显著的序列相似性,该载体可用于生产SARS疫苗;
4)2019-nCoV非常可能是实验室用来制备SARS疫苗的重组病毒。

在审视、完善“新冠君,你额头的Lab金印怎么洗”一文过程中,我细读了Lyons-Weiler的原文,也查阅了网上的相关文章。已有网友指出Lyons-Weiler的文章存在分析错误。在比较研究了正反两方面的看法后,我的结论是:
Lyons-Weiler的逻辑与判断确实存在问题,INS1378与实验室载体pShuttle-SN并无必然关联,含有INS1378,也并非新冠(即SARS-CoV-2)产生于实验室的可靠证据;
我前文的第7.部分也存在相应的问题,“INS1378来自实验室载体pShuttle-SN”这一判断并不成立。

下面陈述我的理由。

1)INS1378与SARV-CoV刺突蛋白(S蛋白)的序列一致性(可匹配度)并不高,仅为67.77%;它与pShuttle-SN的序列一致性也并不显著,同样仅为67.77%。INS1378与pShuttle-SN,与所有SARV-CoV病毒株基因序列的一致性都是67.77%,对INS1378来说,pShuttle-SN与SARS-CoV并无不同。如果可以说,INS1378来自pShuttle-SN,那么,也可以说INS1378来自SARS-CoV。

下图是用NCBI(National Center for Biotechnology Information)工具Blast得到的INS1378在基因数据库中的搜索匹配结果列表(部分),中间一行是INS1378与“Expression vector pShuttle-SN”的基因序列匹配情况,二者的序列一致性,或者说可匹配度为67.77%。

head_of_blastn_ident_to_ins1378.PNG

blastn_ident_to_ins1378_1.PNG


b)INS1378与两种舟山病毒CoVZC45,CoVZXC21的一致性分别为70.31%,69.76%,皆高于其与pShuttle-SN或SARS-CoV的一致性(67.77%),与其说INS1378来自pShuttle-SN,那么,还不如说INS1378来自CoVZC45或CoVZXC21。参见下图。

head_of_blastn_ident_to_ins1378.PNG

blastn_ident_to_ins1378_2.PNG


c)Expression vector pShuttle-SN质粒基因序列共有5607个碱基对,它自编号945开始的一段长为1525的碱基对序列,与SARS-CoV(以病毒株SARS coronavirus BJ162代表)自编号21447开始的一段长为1526的碱基对序列高度匹配,在1526个对应位置中,匹配的碱基对有1520个,一致度(匹配度)高达1520/1526=99.61%。下图为比照结果的截图(匹配段序列较长,截图只显示了前面一小部分匹配段)。

Blast Job Title     AY862402:Expression vector pShuttle-SN, complete...

pshuttle_vs_sars_cov_1.PNG

Expression vector pShuttle-SN与SARS-CoV(SARS coronavirus BJ162)基因序列匹配情况

d)Expression vector pShuttle-SN与SARS-CoV二者长为1526的高度匹配区域,包含它们各自与INS1378的最佳匹配区域,因而,INS1378与二者的最佳匹配区域,几乎没有什么不同,这就是INS1378与二者的一致性相同,皆为67.77%的原因。

e)Expression vector pShuttle-SN与SARS-CoV高度匹配的原因是,Expression vector pShuttle-SN中长为1525的序列,本来就是从SARS-CoV的S蛋白中克隆来的。在实验室用SARS-CoV的S蛋白与(缺陷型)腺病毒合成SARS疫苗时,要将SARS-CoV的S蛋白,克隆到pShuttle质粒中,这一操作得到的一份含有SARS-CoV S蛋白的pShuttle质粒重组克隆体实例,就是Expression vector pShuttle-SN。2004年12月21日,中山大学肿瘤防治中心将Expression vector pShuttle-SN的基因序列,提交至国际基因库GenBank。参见下图。

expression_vector_pShuttle-SN.PNG


关于腺病毒SARS疫苗的专利情况及疫苗制备方法,可参见下面两个图。

cnki_s_gene_patent.PNG


way_for_sars_virus_vaccine.PNG


综上所述,“7. SARS-CoV-2带有实验室载体pShuttle的核苷酸序列INS1378”这一说法并不成立,尚无事实和逻辑可得出“SARS-CoV-2中的核苷酸序列INS1378与实验室载体pShuttle有关”这一判断。

需要说明的是,虽然我认为,Lyons-Weiler就INS1378与pShuttle-SN关系的判断是错误的,但他有些看法我仍然认同,例如:
a)2019-nCoV进化树分支的bootstrap值(自展值)较低,仅为76,是进化树各分支中最低的。这说明该分支(源于自然进化)的可信度较低。

gr3_1.JPG


b)2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒的基因序列同源性较差,且序列一致性关系不连贯,存在明显的间断gap,这也说明2019-nCoV不太可能由蝙蝠冠状病毒自然进化产生。

hit_matrix.cgi_m.PNG

SARS-CoV-2与舟山病毒CoVZC45序列一致性关系dot plot图,图中有非常明显的间断gap。NC_045512是SARS-CoV-2的NCBI refseq(登录号),MG772933是CoVZC45的Accession number。


确实少了一道“金印”。但是,新冠君额头的其它六道Lab“金烙印”仍赫然在目,“新冠君,你额头的Lab金印怎么洗”一文其它各部分的内容,分结论和文章总的结论依然成立。

有一个事实不知大家是否注意到了,早在2003-2004年间,中山大学就已经能够用SARS-CoV的S蛋白与腺病毒骨架来合成人工病毒(疫苗)了。

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