三十多年来的「台湾主体意识」建构运动，在大部分时间内，只是日本统治台湾以来「现代化台湾人」面对「落后、不卫生中国人」这类优越感的简单延续，背后并无理论的支撑。近年来，该运动的推动者萌生「理论焦虑」，欲借「殖民理论」将台湾和台湾人描述为殖民主义的受害者。此「理论」的核心论述是：台湾人皆为「南岛语族原住民与汉人混血」，在血缘上「与中国人截然不同」；荷兰、郑成功、清朝、日本和中华民国皆为「外来政权」，皆为殖民者。
此论述的前提，是将台湾想像成自古即拥有独特文化、政治传统的岛屿。在民族主义建国神话频遭解构的当下，这种想像必然最先被解构。
「血统」论也是脆弱的一环。在「民族」理论中，本来就没有为「血缘」留下空间；除了「日耳曼优越论」者外，现代政治基本排斥基于血缘的种族论述。即使某些独派爱引用的人类基因研究，也仅能证实台湾的福佬、客家与北方汉人的基因有异，这一结果虽曾令「台湾主体」论者无比振奋，但依旧无法证实台湾福佬人、客家人与同样混有越族血统的华南汉人有多少基因差异。
「台湾主体」论的政治本意，是要将明郑、清朝和中华民国归类为「外来政权」，以强化台独正当性。为使理论看来更公允，只好将荷、日一起纳入。然而把「外来」政权判为「非法」政权的论述，却有违政治史常识。当人类社会发展出超越部落、村庄、社区规模的组织型态后，更上一层的政治组织大多来自本社区之外。从特定狭小地域的角度看，一切政权都是「外来」政权，古今「台」外皆然。「外来」与否，与正当性没有直接关连；「外来」政权是不是「殖民者」，才是涉及正当性的真议题。
在直到19世纪末仍缺乏现代社会组织的台湾岛民面前，荷兰与日本拥有文明优势。荷、日控制台岛资源、经济与政治，也将荷人与日人打造为在人种、精神、价值上优越的上等人，拥有一切优先权。非荷、非日血统居民则被排除在政治事务之外，在经济上处于被剥削的境地。这种状况符合「殖民主义」的经典定义。
清朝治台时，汉人对南岛语族人群的欺压并未受到朝廷支持，朝廷反而颁行种种措施，防范汉人侵害土着。在清朝政治架构下，土着与来自大陆的汉人移民的地位并无差异，不存在类似荷人、日人与台岛居民之间那种不平等关系，土着的传统政治型态与汉人移民参与王朝政治的权利，都得到清朝的尊重与保护。谓之「殖民主义」，难以成立。
1945年10月之后，中华民国延续并进化清朝统治台湾的模式：各族群居民都摆脱了日本统治下经济附庸和土地占有严重不均的状态，拥有与各省人民完全平等的政治参与权。脱离日本统治甫逾40年，台湾省籍人士即已位居元首，这与「殖民主义」的定义有根本衝突。
有人退而论断清朝和中华民国的对台统治乃是「内部殖民主义」，但「内部殖民」是指中央政权掠夺国内边缘、弱势区域的资源，挹注政治或经济上的强势区域。回顾歷史，清代台湾享有科举政治优待与税收优惠，1949年后，更将作为战胜国带来的全国政治利得集于一岛，使台北位居联合国安理会常任席次达22年；蒋介石运来大陆同胞匯集的黄金，完成台湾币制改革；清华在台復校，是把大陆人民流血缴纳的庚子赔款，用于与庚子当下无关的台湾学子身上。这种情形，恐怕只能说是「逆向内部殖民」。
独派指明郑、清朝与中华民国的本国统治为「殖民」，反称荷、日的殖民为「良心殖民」，这怎么看都像是「后殖民」现象。
