媒体报导，12年国教歷史课纲草案中，「中国史」併入「东亚史」，歷史课程分成「台湾、东亚、世界」3个分域。新歷史课纲的调整，代表台湾正式启动「文化台独」史观，这对当前不稳定的两岸关系，恐怕会產生更多负面影响。林全院长应要求教育部悬崖勒马，蔡总统也要正视两岸关系失控的风险。
台湾歷史课纲分域的变革，可分成3个阶段。最早是「本国史」与「世界史」两个分域，中华民国与台湾均放在中国史的歷史脉络中书写。陈水扁时期改为「台湾史、中国史、世界史」，中华民国的歷史被切成两半，1945年以前放在「中国史」，以后则放在「台湾史」，意指「中华民国已是台湾」，可定位为「独台史观」。马英九执政8年期间并没有更动，沿用迄今。蔡英文政府此次的歷史课纲草案，代表进入了第3阶段，也就是正式删除「中国史」，中华民族五千年歷史从此与台湾无关。如果这个课纲通过，代表「台独史观」完全巩固、「文化台独」成功。
台湾教科书修改始于1997年增加《认识台湾》课程，有学者利用中研院社会变迁调查资料研究发现，《认识台湾》教科书造成台湾认同（只认为自己是台湾人）提高20%，显示天然独并不「天然」，而是学校教育出来的。由于眼前「法理台独」、「政治台独」条件仍不成熟，民进党一些执着于台独建国，甚至那些希望「脱中入日」的人，选择先走「文化台独」路线，用「去中国化」渐进法，让年轻人认同自己是台湾人、东亚人，台湾人与中国人无关，企图为「法理台独」或「政治台独」铺路。
原住民是「文化台独」的工具，「荷、西、明郑、清、日本」，及1945年从大陆来台的政权，一概视为外来政权。「台独史观」者认为，台湾民族不同于中华民族，台湾史不需要放在中国史的脉络中了解。
新课纲草案以「东亚史」取代「中国史」，等于将台湾与中国的歷史关系放在与其他东亚国家关系同样的位阶。事实上，台湾是一个大量汉人移民、以中华文化为主体的社会。更令人担忧的是，所谓「东亚史」，其实是在凸显近代日本对台湾的影响，依这些「文化台独」者的习惯，他们会继续歌颂日本对台湾50年的殖民贡献。
在李登辉与陈水扁执政期间，北京关注的重点是政治分离主义，为因应李登辉的「两国论」与陈水扁的「一边一国」主张，大陆在2005年通过《反分裂国家法》，并希望透过经贸交流来拉近两岸人民的心理距离，却没有察觉到「文化台独」的严重。一直到2014年的太阳花运动，服贸协议受阻，以及马英九任内后期通过的「课纲微调」无法落实，北京才真正认识到两岸青年认同问题的严重，也了解到台湾的歷史教育将会是未来两岸关系发展的最大障碍。
蔡英文总统的竞选政策纲领与就职演说，以「维持现状」为主轴，就职演说认为台湾是多元文化社会，中华文化是重要成分，并拒绝改变「中华文化总会」名称，且自任会长，代表她无意「去中华文化」。大陆国家主席习近平2014年9月26日接见台湾统派团体时，曾脱稿发言对两岸认同日益分歧表示忧心。他说：「欲去其国，必先除其史；除其史，就可除其心」，似乎认为台湾「去中国化」史观教育甚为严重，已对两岸关系发展造成不利影响。
教育部及参与新课纲规画的学者专家可能不了解，新歷史课纲如果成真，会对两岸关系產生极大的负面影响。去年蔡英文胜选后，大陆曾一度对蔡英文以中华民国宪政体制为基础的「维持现状」说持开放态度，倾向同意民进党更弹性解释九二共识，但后来教育部及文化部官员的任命，让大陆產生「文化台独」的疑虑，因而收紧对九二共识的定义，现在甚至出现「体现『一中原则』的『九二共识』」最强硬说法，民共关系渐行渐远，两岸关系急速倒退。
习近平与以往领导人不同，非常在意歷史与文化因素在两岸关系中的角色，期盼两岸共同振兴中华民族。民进党不接受九二共识，已使两岸关系处于冷冻阶段，如果再推出「去中华文化」、「去中国」的歷史课纲，台海不会陷入兵凶战危吗？
中国史与中华文化真的和台湾无关吗？台湾需要经歷另一场两岸动盪吗？教育部要悬崖勒马，蔡英文总统也要从政治层面三思。
