惨烈长达八年的平三藩战争，就此拉开大幕。
值此战云密布之际，康熙的身边又连续发生了两次未遂暴动。一次，发生在天子脚下的北京城里。当时，一个名叫杨起隆的江湖人士，自称是崇祯皇帝的三太子，秘密集结了一千多人，准备元旦那天，刺杀康熙，并在京师举行反清复明大暴动。事情虽然被扑灭，却也搅得北京城人心惶惶。
另一次则是发生在天子脚下的京畿地区。河北总兵蔡禄是郑成功的老部下，投降后被任命为河北总兵。此次，南方烽火遍地，他便准备起兵响应。虽然这次兵变还没有发动就被镇压下去了，但却足以令人心惊。
到康熙十三年四月，整个云南、贵州、四川、广西、湖南、福建六省全部落入叛军之手。全国形势异常动荡不安。
偏偏在此时，吴三桂犯了一个绝大的战略错误，他没有乘军事上连连获胜之机，一鼓作气打过长江，直上中原，却在长江边上勒马观望起来。从此，他再也没有能够跨过长江。后世学者谈到此事的原因时，众说纷纭。有人认为，吴三桂深知自己在长江以北地区名声太糟，担心过江后处境尴尬；另一种看法则认为，吴三桂担心自己逼得太紧，会断送扣在北京的长子和长孙的性命。因此，他才会放还一直扣押在手中的皇帝特使，让他们带信给康熙皇帝，表示愿意划江而治、“裂土罢兵”。
结果，吴三桂想要保住子孙性命的想法，反而断送了他们的性命。康熙接到吴三桂的书信后，立即召开会议。他不顾悲痛欲绝的嫡亲姑姑和硕建宁公主的苦苦哀求，决定公开处死自己的姑父和表哥，即吴三桂的长子和长孙，以示决不妥协的决心。
据说，吴三桂得到一子一孙被处死的消息时，正在吃饭。他大惊失色，推翻饭桌叫道：“想不到皇帝小小年纪竟能如此行事！事情无可挽回啦！”如今，他只能和小皇帝拼个鱼死网破了。但此时，他已经错过了将战火烧到敌人土地上的最好时机，只能在已经占据的土地上展开殊死战。
对于康熙来说，康熙十四、十五两年，可能是他一生中最为严峻、最为难熬的时光。前一年底，他最担心的事情发生了，镇守平凉的陕西提督王辅臣加入叛乱，北京侧翼的战略后方立即呈现不稳态势！更糟的是，偏偏在此时，蒙古察哈尔部的布尔尼趁八旗劲旅南下、京师防卫空虚之机，发动叛乱，帝国真正的战略后方燃起大火。据守台湾的郑成功的儿子郑经登陆福建，也加入了战团。甚至有消息说，属国朝鲜也想借此机会复仇雪耻，并且可能已经派出信使前去联络郑经。致使盛京沈阳和北京城里谣言四起，人心大乱。康熙陷入焦头烂额的境地。此时，一个措置不当，他就不但可能输掉这场战争，届时，他就是想退回辽东的深山老林可能也都由不得他了。
王辅臣有一个外号叫马鹞子，是当时名气极大的一员猛将。他的膂力、武功、马术据说达到了神勇的境界，已经可以和温酒斩华雄时的关云长相媲美，号称勇冠三军。以至于当时没有哪个将军敢于和他对阵。他曾经是吴三桂的部下，深受信任和倚重。四年前，被康熙皇帝调离云南，提升为陕西提督，出镇平凉。在他上任前，康熙亲手把一支蟠龙豹尾枪赠送给他。这是康熙的父亲顺治留下来一对枪中的一支。康熙很动感情地对王辅臣说：“这是先帝留给我的。我每次外出必定把它列于马前，以记住父皇的恩德。你是先帝的臣子，我是先帝的儿子，其他的东西都不值得珍视，就把这枪送你一支。你见到这支枪就好像见到了我，我见到留下的一支，就好像见到了你。”当时，王辅臣跪在地上泪流满面，表示将肝脑涂地，报效皇上。如今，就连这样一个人居然也参加了叛乱。
当时，王辅臣的儿子在朝为官。康熙将其召来，让他回到父亲身边去。康熙说，他不相信王辅臣会真心背叛，自己对他将一如既往，绝不食言。据说，王辅臣听到儿子转述了康熙的话之后，痛哭失声，从此，首鼠两端、进退失据。他接受了吴三桂送来的军饷和封号，却并没有进攻陕西。在拿下战略要地秦州即今天的甘肃省天水市之后，毁掉陕甘两省交界处的凤县偏桥，然后，就返回平凉去了。
此举意义重大非凡。继吴三桂勒马长江之后，王辅臣叛而不攻，再一次给了康熙极其宝贵的从容调度时间。
这时，玄烨的老祖母孝庄太皇太后给他推荐了一个人。此人名叫图海，是一个曾经坚决反对撤藩，但却很能干的满族官员。孝庄太皇太后告诉玄烨，用这个人，必可克敌制胜，定能打败察哈尔部的布尔尼。
布尔尼是察哈尔林丹汗的孙子。他的父亲归顺大清后，被册封为和硕亲王。后来，他几次违约背信，不按规定进京朝觐，结果，被削夺王爵，软禁在北京。布尔尼便承袭了王位。此时，他听说为了对付吴三桂，北京已经没有兵力防守了。便煽动奈曼等部落谋叛，想趁火打劫，攻进北京，抢回父亲。
当时，北京已经确实无兵可调。谁知，康熙任命了图海之后，这家伙在几天之内，居然将满洲八旗人家中的青壮家奴组织成了一支三万人的大军。图海动员这支大军参战的方式，和当年努尔哈赤组织八旗铁骑时的思路一模一样。
他告诉这帮家伙，布尔尼是林丹汗的孙子，林丹汗是成吉思汗的直系子孙。当年，大元帝国最后一个皇帝逃离北京时，把全中国最珍贵的宝贝都带走，传给了林丹汗。布尔尼的父亲归顺时，皇太极恩准他保留下了那些东西。如今，都在布尔尼手里。图海说：他早就苦于没有机会拿到这些珍宝，如今上天终于把这些宝贝送到诸位眼前来了。他向大家保证，皇帝已经同意，拿到这些稀世之宝后，将全部分给作战勇敢的巴图鲁——勇士。
结果，这批家伙被他煽动得嗷嗷叫，恨不得立刻就找到那个倒霉的布尔尼。
就这样，图海连军需粮草都不准备，就带着这帮恶虎昼夜兼程地扑向布尔尼。他们一路上统统靠抢夺经过州县的粮草维持军需。碰上布尔尼的大军之后，没有任何悬念，一仗就把布尔尼的部队打得尸横遍野。布尔尼本人只带三十余人逃出战场，又迎头撞上了科尔沁部支援大清的部队，结果一个没剩地被消灭干净了。
一般说来，像三藩之乱这样的叛乱，最怕旷日持久的相持。一旦进入这种情势，只要政府不犯错误，政府军一方广大的战略纵深和资源优势就将逐渐发生作用。如今的吴三桂就陷入到了这种境地之中。
到康熙十六年，曾经来势凶猛、蔓延到云南、贵州、四川、湖南、广西、福建、广东、江西、浙江、陕西、甘肃十一省的叛乱，已经被压缩到了云、贵、川、湘、桂西南五省内。并且，在北、东、南三个方向陷入重兵重围之中。吴三桂可能怎么也想不明白，当初自己登高一呼天下响应的热烈场面，怎么就会在几年之中，变成了一哄而散的局面？终于，他不想再等了，他要当皇帝了。
康熙十七年三月一日，吴三桂在湖南衡州登基称帝。他宣布建立大周国，定年号为昭武，改衡州为定天府。然后，任命了一大堆的大学士、尚书、大将军等等。此时，这位“大周昭武皇帝”已经六十七岁。
八月十六日，康熙召开军事会议，二十五岁的青年皇帝有些按捺不住自己了。他第二次提出，准备御驾亲征。
第二天，公元1678年即康熙十七年八月十七日，吴三桂病死在湖南衡州那简陋的临时皇宫里。死前，他甚至没有来得及等到他十四岁的孙子，从昆明前来接班。
三年后，公元1681年即康熙二十年十月二十八日，吴三桂十七岁的孙子在昆明自杀。十一月十四日凌晨，一阵急促的马蹄声打破了京城黎明前的静谧——三藩之乱最后荡平的捷报传入北京。
